楼主时间线弄错了。
其实，整个故事的叙事角度，是伊莱拉。她在参加工作前，地球就已经发现了具有极强能源力的极源流体，只是当时地球技术还做不到将这种力量加以利用。所以当时的科技杂志无一例外都在刊登有关极源流体研究的消息。女主伊莱拉也就在此时得知了格林贝尔的研究团队。但是，当时联邦的军工巨头曼帝斯先雇佣了伊莱拉，并安排她在曼帝斯能源部门工作。在那里，伊莱拉发现了利用极源流体的方法，并得到了发表其研究成果的机会。但是她却发现，曼帝斯打算利用伊莱拉的技术，通过极源流体的能量制造兵器。对此无法忍受的伊莱拉决定辞职，并在科技杂志的启发下，加入了格林贝尔研究室。
在格林贝尔的研究室里，伊莱拉受到了研究室成员的优待。伊莱拉过了自己堪称最幸福的一年。但是，研究室对外承担的有关制作更加稳定的极源流体的研究遇到了瓶颈，格林贝尔的研究团队开始焦虑起来。这时，伊莱拉的研究同伴赛瑞斯·格兰特发现了可以通过转化生命控制极源流体的办法。但是，伊莱拉和赛瑞斯却对这个新方法不认同。对于社会的认知并不成熟的伊莱拉将赛瑞斯的发现告诉了研究团队的同伴，但正处于研究瓶颈进退两难的格林贝尔等人都将之看作是最后的稻草，甚至还以“这是必要的牺牲”来宽慰自己。伊莱拉和赛瑞斯不能认同，因此退出了格林贝尔的团队，开始自己研究不通过转化生命来控制、稳定极源流体的方法，而格林贝尔、阿斯卡和哈伯则开始招募志愿者，通过融合生命物质稳定极源能量。
在经历了多次试验之后，伊莱拉终于发现了稳定极源流体能量却不用融合生命的方法，并第一时间通知了格林贝尔。而格林贝尔的研究看似有所突破，但实际上依旧陷入了停顿。但是，在与极源流体相匹配的人体资料中，格林贝尔发现伊莱拉才是最匹配极源流体融合实验的对象。于是，格林贝尔与伊莱拉见面，并趁机将伊莱拉推入到转化炉中，将伊莱拉转化为第一个极源生命体。
（暗线：极源流体被人类发现和利用，其本身或许就是极源流体在利用人类。从游戏的三个特殊感染者的思考中，我们发现极源流体的特殊感染者不会变成丧尸，而且还隐藏在人类的躯体内。其中一个感染者的意识透露，极源流体是“神”的脊髓液，而人类也并不是极源生命体的制造者，而且人类的行为一直处于某种引导之中。因此，格林贝尔的种种，可能是在极源流体或者其更高层的生命形态的引导下进行的，但是他本人并不知情）
此后，格林贝尔携发现极源生命体的功绩，成功实现了人类能量领域的突破，甚至带领研究团队加入到了曼帝斯集团，成为曼帝斯集团下辖舰队的一任舰长，负责联邦政府关于极源能量和极源生命的研究。格林贝尔的舰队找到了一处星球，并在那里与当地土著发生了冲突。但是人类的科技力量远超被称为“栖息者”的星球原住民，原住民原本信奉和保护的杜拉被拉走，进行了极源流体的研究。应该说，格林贝尔来到这个星球的目的，就是为了杜拉而来，他意图将杜拉改造成究极生物兵器，并利用极源生命体对杜拉进行控制。
然而此时，极源生命体中伊莱拉的人格再度苏醒，并且对自己受控下所从事的星球屠杀行为感到抗拒。这种抗拒应该也渗透到了意识领域，伊莱拉原本的朋友阿斯卡和哈伯都应该在梦境或幻觉中看到过伊莱拉的身影。阿斯卡甚至濒临崩溃，苦苦告求伊莱拉不要再找自己。
终于，地球联邦派出代表前来验收格林贝尔的研究成果，格林贝尔则启动了第30号融合计划，即极源生命体与杜拉的终极融合。融合完成后，究极兵器将会彻底摧毁星球地表的“栖息者”，同时也将为格林贝尔带来更大的利益。但是，杜拉的能量是惊人的，与极源流体融合之后，这种力量更加强大，以至于极源生命体伊莱拉都无法控制。结果究极兵器终于暴走，大肆屠杀地面的所有生命，包括人类舰队在内都遭遇了重创。部分“栖息者”被迫转移到了地下的泥坑之中，他们将“天人”（他们口中的人类）引发的这次浩劫称“大灾难”，并世世代代将这个恐怖的记忆传承下去。而人类，在历尽万苦重新将究极兵器封印之后，惊恐地发现，究极兵器不但引发了劫难，其恐怖的力量还扭曲了空间，将人类的舰队拖入到了另外一个时空，一千年之后的时空。
格林贝尔发现这个情况之后，第一时间想要与千年之后的地球政府进行联系，甚至将舰队的其他船舰派出，但是所有的联系都得不到回应，而且舰队原本的航行线路也不知为何被消除了。格林贝尔将这个消息尽可能的封锁在了上层，同时展开自救行动。他知道，在失去航线坐标和与地球的通信联系之后，想要回到地球，就需要大量的时间。因此，他们需要回到属于他们自己的时空，这样他们才能与地球重新取得联系。船舰的物理学博士苏菲·海因里希提出了一个设想，就是重新制造一个极源生命体，并设法将原本的极源生命体与刚刚制造的极源生命体进行控制，让两个生命体之间的力量相互拉扯，这样形成的力场或许可以制造出能够被控制的时空穿梭隧道。
格林贝尔于是开始着手进行计划。但是，他也知道，制作出极源生命体极为不易，身体适配性要求苛刻。于是，他安排全舰人员进行了身体检查，寻找极源生命体的适配源。同时，他也在寻找可能控制极源生命体的方法。他知道，他现在的所有工作都需要大量的时间。于是，格林贝尔启动了复生者计划，就是将重要的船员的人体信息进行记录，并利用极源流体复刻人体。但是，由于船舰失去了与舰队其他飞船的联络，船舰自己的补给也有限，所以并不是所有人都能加入到复生者的行列。
这时，哈伯团队的瓦伦蒂娜发现星球当地土著“栖息者”能够长生的原因，这是因为当地某种植物可以寄生在栖息者身上，延缓身体腐烂的速度。但是副作用，是这种植物会干扰、侵蚀人类的意识领域，甚至还会让人类失去控制，变成丧尸。但是一来瓦伦蒂娜的研究可以让大量的船员与星球的生态环境相契合，这样人类可以从外界寻找更多资源维持船舰运作；另一方面，这种物质可以控制神经系统和意识领域，那么源自于人类意识的极源生命体，或许也可以得以控制。于是哈伯团队从外界获取了许多植物，将其放置在培养液之中，并通过对儿童的人体实验，开始寻找如何通过植物萃取液，控制宿主的方法，也因此在下层区域造就了无数嵌合兽。
与哈伯团队同时开展的，就是制作稳定的极源生命体。但是，船舰的能量来源出现了空缺，于是格林贝尔下令，将用不着的人员以及实验样本送到能量转化炉，将之转化为极源流体。而身体适配性较好的，则在化为极源生命体之后，送到阿斯卡那里进行进一步的观察和评估。这时，一个一直潜伏在舰船里，伺机报复格林贝尔团队的人终于开始行动了，他就是帮助伊莱拉寻找另一个控制极源流体力量方法的赛瑞斯。
伊莱拉失踪后，赛瑞斯一直在寻找伊莱拉的下落。终于，他发现格林贝尔谋杀伊莱拉的真相，但他也痛苦的发现伊莱拉已经不再是过去的样子了。他拒绝承认伊莱拉的在世，并且把伊莱拉的死归责到格林贝尔、哈伯和阿斯卡身上。所以，在成功混入到格林贝尔的舰队中后，他通过黑客入侵的方式，隔绝了舰队与地球的联系，同时还抹除了舰队行驶记录，为自己的复仇计划争取时间。但是，他也亲历了极源生命体与究极兵器的暴走，这为他的复仇又增添了新的动力。
在劫难发生之后的混乱中，赛瑞斯先找到了阿斯卡，用枪将阿斯卡击毙。继而又找到了哈伯。但是，哈伯却并不像阿斯卡那样处于焦虑与精神崩溃之中，他找到了机会反击，试图从赛瑞斯手中夺取枪支。但是混战中，赛瑞斯一枪将存有星球植物的培养柜的封闭玻璃击碎，又开枪杀死了哈伯。临死的哈伯知道后面将要发生什么，只说了一句“一切都完了”之后去世。而赛瑞斯则掉头去寻找格林贝尔。但是，植物失去了封闭环境之后，它的孢子开始通过空气管道和空调系统传到了船舰的各个角落，而赛瑞斯对神山号防护系统的黑客攻击也造成了防御系统的延迟。等到大家发现紫色的气体开始充斥舰船环境之后，一切都晚了。大量的工作人员、研究员开始丧尸化，一场生化危机在神山号内部不可避免的出现了。
得知一切的格林贝尔已经无力回天，他开始给神山号的核心AI“狄伦”交代后续工作，要求他死守位于中心区域的研究成果，同时要求狄伦按先前规定的名单，将不在名单上的人全数消灭，以灭口。第一个死在狄伦枪口下的，就是格林贝尔的贴身秘书。
格林贝尔逃走之后，神山号的残余人类陷入到了狄伦、感染者的双重狩猎之中，他们设法进行自救，幸存的高级职员发现狄伦开始进行清理工作后，也试图潜入中心区域去修改狄伦的权限，但最终都宣告失败。不知道什么时候，神山号上人类灭绝了，或者成为了丧尸，或者变成了尸体。
星球的土著居民“栖息者”此时在族长阎塔卡·巨斧的带领下，从泥窟中走出。无法支撑族人存活的“栖息者”在发现“天人”舰队失去力量之后，栖息者们开始脱离泥窟，将没有生命的神山号当做了自己新的家园。对人类抱有恨意的栖息者进入神山号后，开始屠杀任何他们见到的人类丧尸，并将他们穿刺，吊在半空。同时，他们也派战士试图去进入到神山号的核心区域，但是在狄伦的防御下，栖息者们并不能探入到核心区域一步。为了对付狄伦的防御，栖息者甚至也发生了技术跃迁，开始利用人类的工具制造出属于他们的火力武器。
这期间，一直被封印在中心区域的极源生命体也在用自己的方式寻求自由。伊莱拉的人格复苏后，开始分离自己的力量，控制那些被制造出来却无人控制的新极源生命体们。尽管本体可以自由操控新控制的新生命体，但是新生命体自身的果冻状身体能动性不强，而且控制新生命体需要消耗伊莱拉人格原本的记忆。这些肩负着伊莱拉记忆和使命的极源流体不断寻求解放本体的方法，但大多都功亏一篑。因此伊莱拉原本的记忆也散落在神山号各处，而极源生命体本体除了自身对格林贝尔的恨意之外，也忘记了自己的初衷和自己变成这样的原因。
直到，一个小不点横空出世……一个后来被称作“MO”的小不点……
艾布拉姆希
