日本全国共有84家特定功能医院,多数为大学医学院体系下的附属医院,此类医院的医疗技术、设备和水平更先进,比较权威。以下是各地区名单:
関東地区
筑波大学附属病院
自治医科大学附属病院
獨協医科大学病院
埼玉医科大学病院
防衛医科大学校病院
千葉大学医学部附属病院
癌研有明 がん研究会有明病院
杏林大学医学部附属病院
慶應義塾大学病院
国立がん研究センター中央病院
国立国際医療研究センター病院
順天堂大学医学部附属順天堂医院
昭和大学病院
帝京大学医学部附属病院
東京医科歯科大学医学部附属病院
東京医科大学病院
東京慈恵会医科大学附属病院
東京大学医学部附属病院
東邦大学医療センター大森病院
日本医科大学付属病院
日本大学医学部附属板橋病院
北里大学病院
聖マリアンナ医科大学病院
東海大学医学部付属病院
横浜市立大学附属病院