首先，漫画已经说过了造成此次灾难的是细菌而不是病毒。最新话学院生活部的各位也推断出了胡桃之所以能恢复，是因为学校中净水装置无法像自来水厂那样完全净化当地的地下水，使当地地下水中某种能抑制尸变细菌的物质。

水有能杀菌，很难不让人联想到过去恒河。在过去，恒河被称为圣水，有防腐效果，后来发现恒河中有大量噬菌体（现在因为污染基本没了）噬菌体是一种宿主为细菌的病毒，一种噬菌体只对一种细菌有效。

噬菌体现在也会被用于治疗，相比于抗生素，噬菌体副作用更小，更有效，而且不用太担心耐药菌株，因为发明一种新的抗生素可能要几年，制作新的噬菌体只需要几周，而且细菌变异，噬菌体也会变异。所以男士市当地地下水中抑制尸变细菌的很可能就算一种以尸变细菌为宿主的噬菌体。

尸变？

按漫画设定，至今没有发现痊愈个例，胡桃在离开学校后身体也越来越差。如果胡桃真的有抗体，那不可能出现复发的状况。也许是免疫系统特异性棉衣根本对尸变细菌无效，人体无法自身杀光尸变细菌，而噬菌体的繁殖数量速度会随着细菌浓度降低而下降，几天就会被人体排出，免疫系统对尸变细菌无效，噬菌体又无法完全将尸变细菌清除干净，那一旦断水，尸变细菌又会开始繁殖，所以胡桃病情才会在离开学校后恶化。

写小说？

摄入噬菌体这个设定em。。。。这东西根本进不了内环境呀

大佬流批

最骚的是噬菌体正好就是高中生物讲遗传物质那一章，dna病毒的例子，噬菌体浸染大肠杆菌实验我们学校当初还带着做过，正好现在主角团又回到高中了

人 类 救 星 噬 菌 体

想太多了，作者生物学的不是那么好……所以说的是抗体

不过我可以去找我学生物竞赛的学长问问

抗体这东西可不是凭空生产的啊，没了就的确会没了

噬菌体作为一种病毒能在一定程度上消杀肠胃中的细菌，饮用含有大量噬菌体的水可以有效解决胃肠菌群紊乱，胃反酸消化不良等问题(视噬菌体种类而定)
但是不同的是噬菌体并不会被人体吸收，噬菌体的外壳为复杂蛋白质，被吸收前必须被分解成小分子物质，而被分解的病毒并不具有活性，即使能经由伤口等进入血液，病毒在血液中同样会引发免疫反应而被B细胞分泌的反病毒抗体依附失活并被免疫系统消灭，噬菌体用于医疗时，必须经过特殊的抗原改性或配服抑制免疫系统的欺瞒性物质才能正常起效，而且不能口服只能输液注射噬菌体。并不满足楼主的理论。
我认为，男土市水体中含有的并不是某种生物，而是一种抗体活性物质，这种物质或可以直接被吸收或被分解吸收后的产物具有抗体活性。即可能物质或其分解物本身可作为抗体参与病原体的免疫，也可能有助于人体合成出某种免疫物质进行特征抗原的免疫。无论是哪种，都比较符合剧情描述，也不存在噬菌体假说所存在的上述问题，提出来为楼主提供参考。
最后，请不要高估海法老师的生物学知识水平，虽然生物也是日本的教育内容，但对于一位主打文学创作的高龄剧作家，其生物水平和严谨程度可能已经不足以构建出一个完美的可以解释的理论，就正如丧尸化这种无法用现代科学完美解释的病症一样，如果太过认真地分析反而容易由于主观臆断的问题得出可能正确可能错误的结论，所以楼主大可不必纠结此时，静心等待后续剧情更新即可