中日韓,包括阿伊奴和琉球的Y染色體(父系),總結如下表:
簡單來說,漢族的O3-M122整體占了將近60%,是漢族的主體,以及C3-M217和N-M231,這些也都是北方漢族的常見成分,在韓國和日本也都存在。而韓國和日本也有其獨特的成分,其中共有的是O2b-M176,在韓國和日本都占到30%以上,而在漢族僅有0.5%(此外,越南和印尼也發現少量,比漢族略多)。而日本的獨特類型有D2-M55(34%)和C1-M8(3%),除了在韓國人裏發現微量以外,其它地區均幾乎沒有發現。而D2-M55在阿伊奴人裏占了絕對多數,琉球人裏的比例也比日本本土高。於是,Hammer F(2006)提出了一個假說,即日本人的雙起源說,他提出D2單倍羣是日本的繩文文化土著,而O系代表了來自大陸的彌生人,尤其O2b-M176是從朝鮮半島遷過去的,在日本的比例也是中部,尤其是九州到關西比例最高,與彌生人最早定居的地區一致。

我自己也同意,由O3, O2b, D2三者在中日韓三國的分佈比例,可以判定,人口流動基本就是中國->朝鮮半島->日本這樣單向流動的。我們甚至可以約略計算一下比例,即日本的父系有大約40%是本土的(D2和C1單倍羣),大於30%是朝鮮半島來的(至少包括O2b-M176),剩下不到30%是從其它地方來的(包括從中國或者東北亞,也包括從中國經過朝鮮半島再到日本的)。
而韓國除了30%左右是漢族地區極少的O2b,以及2%不到的D2和C1應該是從日本回流的以外(日本人歷史上在朝鮮半島有過多次殖民),其它成分之閒的相對比例都比較接近漢族,尤其是北方漢族的比例。我想這說明了,日本和韓國父系從中國過去的成分,大概是以北方爲主的,並無明顯的吳越影響痕跡。而講南島語系的人羣,從臺灣原住民到東南亞,O1-M119是普遍偏高的,也都缺乏D單倍羣。我想這說明了至少在Y染色體層面,日本和南島之閒雙向缺乏交流。
D-M174單倍羣高頻的大族羣有兩片,一個在日本列島,一個在西藏及周邊,均能占到一半左右(還有一些零散的小族羣,比如安達曼羣島的Onge和Jarawa島),於是有人懷疑日本人是從西藏遷來的。我覺得至少從文化層面來說基本靠不上了,因爲談到同源,必須要攷慮時閒,因爲所有亞歐美澳洲的人基本都是六万年之內一批共同祖先的後代。日本的D幾乎全爲D2-M55,而藏族等大陸族羣(除藏、彝、羌等D占相當比例的族羣,也包括漢、蒙古、苗瑤等D比例較低的)中的D幾乎全爲D1-M15或D3-P99。而D1、D2、D3三支之閒的分化年代相當久遠(STR估測),應該至少在2万年以上,這種年代的共祖很難從文化上找到共性。比如Swadesh計算的100個最核心的同源詞,被替換的速率是1000年14%,或曰保留率86%,這樣從一個祖語,過1万年還能保留的就只有0.86^(10000/1000) = 22%了,而已分離2万年的兩種現代語言又是0.22 ^ 4(兩個分支各有其替換),只有0.2%了。這樣的同源詞保留率,再加上語音變化,早已經埋沒在偶然相似的噪聲中了。所以,通過同源詞基本也就能討論七八千年之內的同源關係(直同源的傳承也好,借詞也好),原因就在此。
另外,日本少量但獨特的C1-M8,這一支和華南零星分佈的C*及印度的C5-M356都共享F1171和F3393突變(與C3-M217不同),也許說明了其遠古時的南方路線,但其分離年代也在3万年前後了。而日本和阿伊奴的C3-M217,從朝鮮、中國或庫頁島尼夫赫人等路線進入日本都有可能,以目前數據精度沒法判斷。
母系方面,即線粒體,討論的難點在於線粒體較短,從而總突變率較低(平均約3100年在全序上出現一個突變),而東亞地區的母系主要擴張時閒在舊石器時代的1.8 - 1.2万年前(Zheng HX_2011),我們也觀察到,相當大部分的線粒體簇在中國和日本都會同時出現,只有部分7000年左右的小支系主要是日本獨有的。如果按以往只測線粒體高變區,幾乎無法分辨2万年之內的支系,只有線粒體全序纔有此分辨率。而現在公開發表的東亞線粒體全序還比較有限,尤其缺乏韓國人的,因此我覺得目前討論日本人母系有多少是彌生、多少是繩文的條件還不成熟。待有足夠多的中日韓線粒體全序後,日本人的繩文成分應該能夠靠數以日本人爲主的3000-15000年前擴張的支系所占的總人口比例來估算。不過按通常規律,外來人口的影響一般都是父系強於母系,因爲男性更容易遷徙,而日本父系的土著有40%,我猜測日本人的母系土著應該超過一半。
日本和琉球語言接近,和高句麗、百濟語等可能有關,未能清楚地看出和阿爾泰和南島的聯繫。日本的人和文化有明顯的二元結構,分別是土著的繩文文化(以Y染色體D2-M55爲特徵,日本東北部及琉球比例偏高)和渡來的彌生文化(至少渡來系的一半來自朝鮮半島,以O2b-M176爲標記,另有O3-M122的諸多支系,九州到近畿比例最高
朝鮮半島的情況並不好說。因爲新羅統一朝鮮半島以後,有過若干次大的移民,現在韓國各地以至中國的朝鮮族從Y染色體都看不出太大的區別(Kim SH_2010)。但古代,我相信高句麗、新羅、百濟,還有更早的三韓和漢四郡,其Y染色體組成應該是有區別的。首先O2b-M176相對O3-M122的比例,日本比韓國要高。其次O2b*-M176(x47z)與O2b1-47z的比例,韓國比日本高得多(朝鮮O2b* 22.5%,O2b1 8.9%,而日本本土O2b* 7.5%,O2b1 25.3%)。這說明去日本的朝鮮半島人是一個以O2b1-47z爲主的羣體,後來朝鮮半島又融入了大量O3比例較高的人(比如漢人)和O2b*較高的人。但以目前的數據,無法判斷去日本的主要是三韓還是百濟之類。只是從歷史記錄來看,似乎日本與百濟、任那的關係更緊密一些。
日本倭王家族的Y染色體類型:這個很難講,目前好像還沒有人公佈過。但以其發祥地,如大和一帶來看,O2b的概率比較大。不過倭王那麼多近親結婚的,歷史中出現生不出健康的孩子,抱亂這種事兒的可能性不小。古墳又不讓挖開來測。