黑十字作为一个反动派的领袖集团，主要发源于欧美地区的武装革新派，其势力可以延伸于黑洞历1700至2100年间的亚洲，欧洲，每周的大部分地区，其主要行动为发动侵略战争与殖民掠夺

黑十字内部共分为五个部门:
负责战争突击的攻略部，
负责后勤支援的辅助部，
负责刑事追查的刑讯部，
负责研发探究的实验部，
负责秘密作业的保密部。

攻略部。顾名思义，发动过多场侵略战争，其目的在于扩大殖民地范围，巩固黑十字在全世界的名声与地位。其成名之战莫过于与战斗民族赫洛族的决斗，因为赫洛族战场不足千人，尽管族人骁勇善战但武器装备仍落后，赫洛人培养出十岁左右的男孩就能上战场，但是往往战争经验不足，而且由于物资短缺，未成年的赫洛族小战士只能披着破烂的铠甲，赤脚上阵。而面对黑十字攻略部万人大军的洋枪洋炮，赫洛这一弹丸小国不费吹灰之力就全军覆没。攻略部将赫洛族十五岁以上成年男性战士当场斩杀，剩余存活的年幼战俘多被当做奴隶贩卖。
黑十字攻略部因为这一战成名，而也正是这一战，加重了世界对黑十字组织的厌恶之情。
目前攻略部的首脑:凯文·菲迪逊

刑讯部。它设置的目的在于对战犯的折磨与拷问。而这些折磨往往是在施刑者个人的恶趣味之上建立的。目前刑讯部已经开发了数十种刑具与上百种刑罚。相对于鞭笞身体与夹骨头这些传统刑罚，刑讯部的拷问者们更喜欢对战俘的敏感地带（包括男性的※※和※※）用刑，而且不论老幼，一视同仁，心狠手辣，而他们往往可以得到自己想要的情报。这也为黑十字的快速发展提供了看似合情合理，实则残忍无比的有利条件。
目前刑讯部的首脑：戈林·坦德

辅助部:以后勤支援为主，以生产医疗设备以及提供伙食等传统后勤任务为主。是战俘被迫参与劳动的主要地点，没什么好说的。
目前辅助部的首脑：汤普森·麦克马图

实验部:以“科学研究”为幌子进行人体实验的部门。其研究工具大多为幼年男性人类。（由于保证实验体的优良且天然无污染，因而多选择小男孩来实验）其研究课题大概在“人体接受疼痛/瘙痒/饥饿/高温/寒冷等状态下的身体状况以及药物的适应性等”，实验体多采用幼年战俘或者奴隶。为了保证实验品来源的纯净，实验部有时候会派人去租借甚至偷抢白净健康的小男孩。是黑十字研发新药品以及新的化学武器的重要机构。
目前实验部的首脑：文森特·克拉克

保密部。从事暗杀与追捕活动，以及保存黑十字秘密资料的地方。多雇佣殖民地的刺客与保镖来执行任务。
目前保密部的首脑:一文字昌明（受雇）

关于“忍者少年”中的黑十字监狱，是文森特与一文字昌明在日本黑十字殖民地里建筑的。其本质作为殖民管辖机构，另承担着保密部的暗杀与实验部的人体实验功能。

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