公元639年，信奉伊斯兰教的阿拉伯人征服埃及，伊斯兰教开始在埃及传播。穆斯林称埃及人为科普特人(Copts；意即是埃及人)，埃及教会也从此被称作科普特教会。穆斯林政府尽管容许“异教徒”存在，但对他们收取重税。付不起重税的“异教徒”不是被迫成为穆斯林，就是遭到杀害。在残酷的逼迫下，埃及的基督徒日渐减少。但仍有不少人在严酷的环境下坚守主的道，科普特教会始终在埃及屹立。