会议之后,吕炳奎与卫生厅一起派人选择院址,确定省中医院按300张床位的规模筹办,这在当时来说是很有气魄的决定。当年秋,吕炳奎调到卫生厅任厅长兼党组书记,他坚持在医院动工基建的同时,先维修旧房,开设门诊,邹云翔、曹鸣皋、叶橘泉、周筱斋等十几位名老中医都参加了门诊部的工作。成立中医学院的事,因为没有校舍、师资、教材,一时无法解决,改为先利用原来卫生厅办的中医进修学校(是中医进修西医的)为基础,首先要各市县选派水平高的、30岁左右的青年中医参加中医师资进修班,采取老师教、学生互教、师生互教等形式培养中医师资。经过学习,提高了理论水平和临床水平,以集体讨论形式编写了各科教材。经过两年多时间,共培养了200余名各科师资,编写出版了27种教材,培养了中医课堂教学的经验。如果有人问,新中国中医教育起步最早、功劳最大的是哪一家?江苏省中医师资进修学校当首屈一指。后来成立的中医学院,基本上是借鉴这里的教材和教学经验,有些中医学院专科老师还是从这里调去补充的,尤其是支援北京中医学院的教师竟达四十位之多,他们大都成了全国一流的中医专家,如董建华、程莘农、杨甲三、王绵之、颜正华、刘弼臣、印会河、王玉川、姜揖君、施汉章、金起凤、江振济、孔光一、陈佑邦等。吕炳奎在江苏省工作期间,为成立南京中医学院创造了办学的基本条件。