证伪科学理论的方法一：在其（目前已知的或确认的）适用范围内，找到和它的预言不符的实验结果。
任何科学理论都有适用范围，比如牛顿力学的适用范围是宏观低速。俺不是学生物的，也知道达尔文的进化论只适用于生物界在自然环境下的演化，不适用于人类社会，因为人有人性。20世纪以前，科学家以为牛顿力学是普适的，直到发现在微观或者高速（与光速可比）的条件下，实验结果与牛顿理论的预测不符。这样，牛顿力学在微观或者高速的条件下被证伪，而在宏观、低速下，至今还未观测到任何与之相违的实验现象。狭义相对论力学、量子力学分别描述了高速和微观条件下的运动；而在宏观和低速条件下，狭义相对论力学、量子力学与牛顿力学的预言几乎完全一致（差别小得无法用实验测出来）。符合狭义相对论的量子力学是量子场论，描述高速微观粒子的运动。科学家至今还未发现一个实验现象，与量子场论的预言相违。因此他们非常期待能够证伪量子场论的实验，这样就能知道量子场论的适用范围，会对自然的认识更为深刻。在科学发展史上，许多理论经不起实验，被证伪，也就是说，其适用范围极小，几乎为零，最后被淘汰。而适用范围宽广的理论，逐渐构成科学的基础。
证伪科学理论的方法二：发现其不自洽，也就是其逻辑推理或数学证明有缺陷。
科学理论必需自洽：自洽的理论并非一定是对客观世界的描述（尽管可能性很大），但不自洽的理论肯定是错误的。比如“以太”理论，不用做实验也知它是错误的，因为以太模型导出自相矛盾的以太的性质，因而从来也没有任何实验能观测到“以太”理论预言的任何现象。牛顿力学和麦克斯韦的电磁理论不相容：他们遵守不同的对称性，因此在相同的适用范围内，最多只可能有一个理论是正确的。现在我们知道，他们都是量子场论在各自的适用范围内极好的近似。