第一临床医学院:临床医学(五年制)、医学影像学(五年制)、中西医临床医学(五年制)、眼视光学(四年制)
第二临床医学院:中医学(九年制)、中医学(五年制)、中医学(“5+3”一体化)(八年制)、临床医学(五年制)
第三临床医学院:中医学(五年制)——农村卫生定向生
第四临床医学院:中医学深圳创新班(五年制)
基础医学院:生物技术(四年制)、中医养生学(五年制)、医学检验技术(四年制)
针灸康复医学院:针灸推拿学(五年制)、假肢矫形工程(四年制)、康复治疗学(四年制)
中药学院:中药学类(①中药学——中药班、药品经营与管理班、广州中医药大学—澳门科技大学联合培养卓越班 ②中药资源与开发)、制药工程(四年制)、药学(四年制)
护理学院:护理学(四年制)
经济与管理学院:国际经济与贸易(四年制)、应用心理学(四年制)、公共事业管理(四年制)
医学信息工程学院:计算机科学与技术(四年制)、医学信息工程(四年制)、生物医学工程(四年制)
外国语学院:英语(四年制)
体育健康学院:体育教育(四年制)