1、肠道菌群失调
肠道菌群失调，临床上主要表现为泡沫盲肠粪便、橙色粪便和大滩盲肠粪便；鸡只可能存在“勾料”（将颗粒饲料甩出料盘），“料粪”（粪便中出现未被消化的饲料）；饮水量增加。发生菌群失调时，生产性能或不受影响，或使采食量减少，进而影响生长；脚病较常见。
鸡肠道菌群失调的防治
1．鸡肠道内通常存在有益菌和有害菌，乳酸杆菌、双歧杆菌、芽胞杆菌等为有益菌；沙门氏菌和部分大肠杆菌等为有害菌。正常情况下有益菌在肠道中处于优势，当饲养管理不当、营养缺乏、应激、药物使用不当时都可破坏这种正常菌群的优势，引起腹泻、生长不良等现象。
2．鸡上笼前一周应补充维生素C、电解多维等，以增强机体的抗病和抗应激能力。
2、病毒性因素
病毒性肠炎，多与轮状病毒和呼肠孤病毒有关。
3、球虫病
在蛋鸡的整个养殖过程中，球虫病一直是最普遍的影响肠道健康和生长效率的重要疾病之一，而感染球虫后所引发的肠道病原菌感染，也是引发肠道疾病的重要原因。
4、坏死性肠炎
引起坏死性肠炎的因素很多，但产气荚膜梭状芽孢杆菌是导致坏死性肠炎的一种普遍存在的厌氧性微生物。当鸡感染亚临床型球虫病，饲料中淀粉和蛋白质的含量过高，使用部分小麦、大麦和燕麦等代替玉米作为能量饲料等情况下，产气荚膜梭状芽孢杆菌能在肠道中繁殖，产生毒性较强、鸡敏感的α毒素而致病。
5、霉菌毒素蓄积性中毒
霉菌毒素正在逐步加重对我国蛋鸡的威胁。霉菌的污染，一般多见饲料、环境的污染。饲料污染最常见的是玉米的污染，其次是豆粕、杂粕的污染，然后是食槽内的污染和成品料的污染。霉菌及其毒素的污染，对鸡的各个系统各个组织都能造成损害，尤其是消化系统。如肌胃溃烂=、腺胃肿大、肠粘膜脱落、肠道菌群失调等；临床表现就是拉稀、拉不消化饲料粪便。