不知道从何而来的超级病毒，是整场『大崩落』灾难的罪魁祸首，它让地球上的人类总量锐减至原来的6成。这场灾难发生在冬天，因此被人称作『破灭之冬』。
被病毒感染的生物会生长出额外的肢体或器官，这些部分会从感染者体内吸取养分，致死率接近100%，并且具有超强的传播力。
后来人们发现，身处海洋的生物与居民可以免受感染，浩瀚的海洋便成为了人们暂时的住所。
早期为了缓解土地资源紧张和远离战争威胁而提出的“乐园计划”——海上都市建设计划——现在变成了建立人类宜居地的最后希望，其中最早建立在太平洋中央的海上都市『Shambhala』成为了亚太地区最大的移民集中地。
而在都市内部，国家政府由于病毒灾难与人口流失而崩溃，已不再是它的统治者，取而代之的是掌控海上都市计划的财团势力。拥有雄厚财力、地盘和科技水平的他们实际掌握了幸存人类的命运，成为海上都市的实际统治者。
少女们的故事，就在这样的海上城市中续写着。
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“犹格·索托斯即是门之匙，诸空间皆汇聚在此”
这一份外神的记忆，又将会让少女引向何方？