1、新城疫以湿性咳嗽（听着呼噜）为主，温度高时严重，温度低时减轻，下半夜严重，有个别尖叫的：流感则以咳嗽流泪为主。
2、新城疫多死瘦鸡，趴着死；流感多死胖鸡，仰着死（气管内有黄色干酪物、有气囊炎）也会出现部分瘦鸡死亡（继发包心包肝的）。
　　3、流感可引起腿部鳞片出血，新城疫则没有。
4、流感引起流鼻涕而新城疫则没有，新城疫会引起吐水现象，流感不会。
　　5、流感可引起颈部皮下脂肪，腹部脂肪出血心冠脂肪出血，新城疫则一般没有。
　　6. 流感可引起胰腺出现红白相间的肿胀和针尖大的白色坏死点，边缘有红色的出血线，新城疫脾脏一般没有病变。
　　7、流感可引起肾脏肿大出血新城疫一般没有。
　　8、新城疫可引起脾脏肿胀并有白色坏死点而流感一般没有。
　　9、流感可引起肺脏病变（水肿淤血），新城疫一般则无。
　　10、 新流城疫腺胃乳头尖规则性出血，流感腺胃基部有脓性分泌物。
　　11.流感能引起蛋鸡输卵管有脓性或干酪样分泌物，新城疫不能。
　　12、新城疫十二指肠末端、卵黄蒂下10公分、两个盲肠之间夹的盲肠有枣核样坏死，流感没有。