直到明英宗正统六年(公元1441年)十一月,朝廷才正式废除南京有名无实的国都地位,复升北京为京师。此后,南京的留都再没变过。
南京的政治地位是降低了,但要说经济地位,南京要高过北京。首先,北京处在“苦寒之地”,粮食供应要通过南直隶运粮北上。江南是明朝的钱袋子、米袋子,没有江南钱粮,京师就要断炊。
南京作为留都以及祖宗灵寝所在,是江南的中心。明朝通过在南京的政治、军事存在,控制着江南钱粮。明朝迁都后,还在南京留下十万兵马。只是到了万历年间,由于各种原因,南京的兵力只剩下4万了。
士兵少了,但百姓多了。万历末年的南京人口,已突破百万,号称神宗万历年间,天下大治,留都城内户口百万家。武宗正德时,有官员评价南京的地位,说太宗皇帝(朱棣之前的庙号)迁都北京,但北京所倚仗的钱粮器物,无不取自于南京(为中心的江南)。
南京,可以说是西部、南部物资进入北京的中转站。南京占长江地利,比如四川、湖广、江西的物资会先顺江东下到南京,然后再走运河进北京。