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智因东方:如何判断一个变异是不是致病突变?
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判断一个变异是不是致病突变,这是遗传病基因数据解读、报告解读的核心问题。
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首先是生物学意义
这个变异应该是对基因功能产生影响的,对于绝大多数单基因病而言,致病突变都是导致基因功能缺失(LOF),而不是导致基因功能激活的(肿瘤突变很多是这种)。
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第二是遗传学意义
先看遗传方式符合:看患者的这个变异的携带方式是否符合该基因相关的疾病的遗传方式。比如对于AD(常染色体显性)遗传病,就是杂合携带致病,对于AR(常染色体隐性)遗传病,只有纯合或复合杂合方式携带才能致病。
再看家系共分离:如果是家系(Trios)模式,还要看看这个变异是否符合遗传学共分离。如果不是家系(Trios)模式,则要对最终怀疑的变异进行家系的Sanger测序验证,还是要看是否符合共分离。
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第三是临床特征吻合度
看看这个变异基因的相关疾病的临床特征,与患者的特征是否吻合。
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