前言
这是神圣罗马皇帝所使用的旗帜，而不是官方的国旗。
主要由黑色和金色组成，金色的背景上侧有一只黑鹰。13~14世纪，旗帜上黑鹰的爪子和喙被改成了红色。从15世纪开始，黑色的双头鹰代替了黑鹰。

马克西米利安一世与双头鹰旗（阿尔布雷希特阿尔特多费尔/Albrecht Altdorfer，绘于1515年）

根据德国1987年版迈耶百科辞典的旗帜章节，亨利一世至奥托一世期间的旗帜为天使米迦勒。腓特烈一世期间为一只鹰。奥托四世期间为在一条龙头在盘旋的鹰。西吉斯蒙德之后，黑鹰和金色背景成为了国旗

十字时期
在13~14世纪期间，神罗的旗帜与现今的丹麦国旗长得十分相似，就是十字是位置有所不同。旗帜的背景为红色，白色的十字将旗帜划分为四个等分。英格兰的国旗和这面旗帜恰恰相反。

当时的神罗旗帜

丹麦国旗

英格兰国旗

黑鹰时期
14世纪，神罗旗帜绘制的十分简单。背景为金色，中央有一只黑鹰。它的爪子和喙都是红色的，但没有吐出舌头。这面旗帜并没有因为双头鹰的出现而弃用，直到1433年才被后者取代。

14世纪的黑鹰旗帜

1433年的黑鹰旗帜

双头鹰时期
15世纪起，黑色双头鹰取代黑鹰绘在了旗帜中央，这只鹰左右对称。双头鹰的爪、喙以及舌头是红色的。1437年开始，在双头鹰的胸加上了一面盾牌。该盾牌为现在的奥地利国旗。1493~1556年，盾牌的右侧又添加了象征勃艮第的纹章：向右下方倾斜的蓝黄间条。

1400~1806年的旗帜

1437~1493年加上奥地利国旗盾牌

1493~1556年加上了蓝黄间条

奥地利帝国的国旗，配色和神罗旗帜相同

历史
于1804年，拿破仑一世建立法兰西第一帝国。作为回应，哈布斯堡王朝的弗朗茨二世宣布自己成为奥地利帝国的皇帝。而奥地利帝国国旗亦是根据神圣罗马帝国国旗的两个颜色制成。弗朗茨二世是最后一位神圣罗马帝国皇帝，因为拿破仑于1806年强迫神圣罗马帝国解体。在这之后，这些颜色仍然用于奥地利帝国直至1918年。
红色和白色也曾被使用于神圣罗马帝国旗帜中。当神圣罗马帝国参与十字军的行动时，一个帝国军旗会于国旗旁飞扬。此旗名为“圣乔治之旗”。“圣乔治之旗”是一面红底白十字的旗，类似丹麦国旗，并且将两色调换便成英格兰国旗。红白色也是汉萨同盟的旗帜颜色。汉萨贸易船只是以红白两色旗帜分辨，而大部份汉萨城邦也以红白两色作为代表其城市的颜色。