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智因东方:对大型变异(CNV)的检测,NGS与aCGH谁领风骚?
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CNVseq是基于全基因组测序检测CNV的技术,之所以叫做CNVseq,而不是叫做全基因组测序,区别就在于测序深度,一般全基因组测序的测序深度是30X,而CNVseq的测序深度不到1X。为什么会有这样的差别呢?因为二者目的不同。全基因组测序是包罗万象的检测,而CNVseq仅仅能用于检测CNV。
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CNVseq与前几年CNV检测的主流技术平台aCGH或CMA芯片相比,二者各有优劣。
首先在技术准确性上,二者难分伯仲。如果都不考虑成本,芯片可以无限制的增加探针,就可以达到非常精确的几kb的分辨率;而如果测序可以无限制增加深度,从只有零点几X深度增加到30X,那么对缺失重复的分辨率也可以提高到外显子级别,甚至把点突变也一网打尽,但这已经不是CNVseq,而是另一个项目全基因组测序了。
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