消毒时应注意几个要点：用药恰当，不用相互拮抗的药物；配药浓度要准确，宁高勿低；消毒时的温度要适宜，控制在5℃以上；时间足够长，或宁长勿短；湿度控制，喷雾消毒时宁干勿温，熏蒸消毒时要有一定湿度，便于气体扩散。
根据消毒目的、消毒对象的特性及环境因素，选用合适的消毒剂。醛类中常用的有甲醛、戊二醛。过氧化物类中的过氧化氢等都是高效消毒剂。
含氯化合物，如漂白粉、次氯酸钙、二氯异氰脲酸、二氯异氰脲酸钠等是杀口蹄疫病毒特有效的消毒剂，多用于水和疫源地的消毒。
含碘消毒剂，如碘酊、碘伏等对口蹄疫病毒有一定的杀灭作用。FMD 病毒对pH 敏感，因而酸类消毒剂对它有强大的杀灭作用，0.2%柠檬酸溶液加入适当的清洁剂，可以改善其效力，适用于场地、装置、容器等的消毒。
氢氧化钠常配成1-2%的热水溶液消毒被病毒污染的畜舍、地面和用具等。酚类消毒剂对FMD 病毒杀灭力较弱。特别注意的是口蹄疫病毒是无囊膜的病毒，对脂溶剂（如乙醚、氯仿、丙酮、三氯乙烯等）有抵抗力。