明粉说明代澎湖巡检司的辖区，扩大到台湾本岛。可考察了一下史料，明代澎湖巡检司这个机构都没存在几年：
洪武五年（1372），裁撤澎湖巡检司。《皇明世法录》记载：“我朝信国，以岛中余民，叛服难谌，故徙之以实内，湖中虚无人矣。”《石仓全集》也载：“因海中绝岛易与寇通，难驭以法，国朝移其民于泉之南关，而虚其地。”《澎湖纪略》记载此事发生在洪武五年：“明洪武五年，信国公汤和经略海上，以澎湖岛居民叛服靡常，因尽徙归内郡，置于漳、泉之间，废巡检而墟其地。”《读史方舆纪要》记载此事直到洪武二十年才完成：“明初洪武五年，汤信国经略海上，以岛民叛服难信，议徙之于近郭。二十年，尽徙屿民，废巡司而墟其地。”
嘉靖四十二年（1563），重设澎湖巡检司，旋又裁撤。《台湾府志》记载：“明嘉靖间，澎湖属泉同安，设巡检守之。旋以海天遥阻，弃之。”《重修福建台湾府志》详述为：“嘉靖四十二年，流寇林道乾扰乱边海，都督俞大猷征之，追及澎湖，道乾遁入台。大猷侦知港道迂回，不敢进逼，留偏师驻澎，时哨鹿耳门外。道乾以台非久居所，遂恣杀土番，取膏血造舟，从安平镇、二鲲身隙间遁去占城。道乾既遁，澎之驻师亦罢，因设巡检守之，既以海天遥阻，裁弃。”
万历二十五年（1597），为防倭寇，设澎湖游兵。据《明神宗实录》万历二十五年七月，福建巡抚金学曾奏：“惟彭湖去泉州程仅一日，绵亘延袤，恐为倭据。议以南路游击，汛期往守”，得到允行。《泉州府志》记载了具体情况：“惟澎湖游兵专过澎湖防守，凡汛，春以清明前十日出，三个月收；冬以霜降前十日出，二个月收。收汛毕日，军兵放班，其看船兵拨信地小防。”不过，万历四十三年上任的福建巡抚黄承玄在《条议海防事宜疏》中写道：“（澎湖游兵）而今裁其大半矣……守其地者往往畏途视之，后汛而往、先汛而归，至有以风潮不顺为辞，而偷泊别澚者。则有守之名，无守之实矣。”
天启五年（1625），因荷兰入侵澎湖的冲击，在澎湖筑城驻兵，旋又裁撤。据《明史》：“天启中，筑城于澎湖，设游击一，把总二，统兵三千，筑炮台以守。”（详见兵部题行《条陈彭湖善后事宜》残稿）虽然《明熹宗实录》记载了天启六年九月，福建巡抚朱钦相上疏：“且彭湖向为红夷窃据，今筑城增兵，远海长戍，俨然一重镇，兵不可撤。”但在崇祯二年三月，户部尚书毕自严在《题覆闽抚并科道暂留杂派辽饷一年应用疏》引用一道圣旨，提及：“彭湖撤兵移饷”，可见还是撤了。