一，3DS模拟器开发官方，源代码中定义：windows默认的可执行程序就是citra-qt.exe，（但是同时生成citra.exe）
那么，citra.exe为啥要存在呢？某些情况下，源代码编译成可执行程的exe时，citra-qt.exe失败，citra.exe成功，可以苟且将就，把游戏的cci格式/3ds格式之间拖动到citra.exe上执行，这样也勉强可以玩，但是没有UI（模拟器菜单界面），而且只调用内部默认的配置文件，不接受玩家user文件夹里面的qt-config.ini
所以，玩家角度，你可以把citra.exe当作是citra-qt.exe的不完全版本

二，目前导致这方面的认知紊乱，主要罪魁祸首是这两个人
1，非官方编译者Valentin，他在云编译的机器人自动打包程序编译mingw时经常失败（这是个顽疾，官方也经常失败，【本质完全一模一样的模拟器版本】常常需要几个版本号才能搞定），然后不知到Valentin在源代码中改动了什么，直接拿掉了citra.exe，然后把citra-qt.exe命名为citra.exe，这样一来，Valentin把源代码编译成exe的成功概率高了，他自己方便了很多

2，http://tieba.baidu.com/p/5815149831?pid=121452693305&cid=122997139067&red_tag=0755064103#122997139067
原因：部分模拟器版本，模拟器文件夹的路径/文件夹名/文件名，不允许出现中文/符号/空格，否则的话，会导致故障，或者某些功能失效，比如keys文件夹的自动解密功能（直接支持加密的3ds格式/cci格式等），所以他抖个机灵，把楼主一楼所说的山猫二四sandbox版本，citra.exe删除，然后把citra-qt.exe改名为citra.exe