2015年年底，南通支云足球俱乐部收购了广西龙桂达足球俱乐部及中乙资格。[3]
2016年1月，南通首支职业足球队——南通支云足球俱乐部成立。[4]球队从队徽、队名、队歌的征集、设计到确立成型都由南通市民参与，是真正意义上南通人自己的足球俱乐部。[5]1月1日，球队决定聘请魏新担任南通支云俱乐部主教练，率领球队征战2016年全国足球乙级联赛。助理教练是原四川绵阳队教练贾劲，黄云峰、蒋智勇分别担任体能教练、守门员教练员。[6]1月29日，南通支云足球俱乐部宣布“中超金哨”李俊担任俱乐部总经理一职[7]。[8]3月份南通支云俱乐部职业足球元年的誓师大会上，公布了“战狼出征，荣耀江海；狼啸江东，唯有支云”的豪迈口号，同时也确立了“三年冲甲，五年冲超”的目标。[5]6月24日，南通支云官方宣布原重庆力帆队长吴鹏、前上海上港球员毛嘉康永久转会球队。[9][10]
2016赛季，南通支云作为一支“菜鸟”球队，最终在赛季末名列第16名。[5]
2017年2月13日，南通支云官方宣布正式任命托米·斯蒂皮奇为俱乐部主帅。4月17日，南通支云宣布托米·斯蒂皮奇辞去南通支云主教练职务。[11]
2017赛季，球队成绩就有了“质”的飞越，他们在联赛第一阶段最终名列南区第四，打进了当年的中乙联赛8强，最终获得了第8名的成绩。[5]
2018赛季，是向“三年冲甲”目标迈进的关键一年。支云俱乐部更是一口气引进了包括根宝青训出品的朱峥嵘、曾登上过亚冠赛场的刘伟、河海大学踢出来的大学生球员宋岳等7名新援，冲甲的决心可见。[5]
2018年10月27日19点35分，2018中乙联赛展开半决赛次回合较量。南通支云客场1-0小胜陕西大秦之水，总比分2-0获胜。[1]南通支云以南区第2名的身份闯入决赛阶段。在1/4决赛中，南通支云总比分1-0淘汰沈阳城市建设晋级4强。半决赛首回合，南通支云主场1-0小胜陕西大秦之水。[1]两回合总比分2-0获胜晋级中甲。随着南通支云冲甲成功，南通迎来了历史上首支中甲球队。[1]
2016年1月，南通首支职业足球队——南通支云足球俱乐部成立。[4]球队从队徽、队名、队歌的征集、设计到确立成型都由南通市民参与，是真正意义上南通人自己的足球俱乐部。[5]1月1日，球队决定聘请魏新担任南通支云俱乐部主教练，率领球队征战2016年全国足球乙级联赛。助理教练是原四川绵阳队教练贾劲，黄云峰、蒋智勇分别担任体能教练、守门员教练员。[6]1月29日，南通支云足球俱乐部宣布“中超金哨”李俊担任俱乐部总经理一职[7]。[8]3月份南通支云俱乐部职业足球元年的誓师大会上，公布了“战狼出征，荣耀江海；狼啸江东，唯有支云”的豪迈口号，同时也确立了“三年冲甲，五年冲超”的目标。[5]6月24日，南通支云官方宣布原重庆力帆队长吴鹏、前上海上港球员毛嘉康永久转会球队。[9][10]
2016赛季，南通支云作为一支“菜鸟”球队，最终在赛季末名列第16名。[5]
2017年2月13日，南通支云官方宣布正式任命托米·斯蒂皮奇为俱乐部主帅。4月17日，南通支云宣布托米·斯蒂皮奇辞去南通支云主教练职务。[11]
2017赛季，球队成绩就有了“质”的飞越，他们在联赛第一阶段最终名列南区第四，打进了当年的中乙联赛8强，最终获得了第8名的成绩。[5]
2018赛季，是向“三年冲甲”目标迈进的关键一年。支云俱乐部更是一口气引进了包括根宝青训出品的朱峥嵘、曾登上过亚冠赛场的刘伟、河海大学踢出来的大学生球员宋岳等7名新援，冲甲的决心可见。[5]
2018年10月27日19点35分，2018中乙联赛展开半决赛次回合较量。南通支云客场1-0小胜陕西大秦之水，总比分2-0获胜。[1]南通支云以南区第2名的身份闯入决赛阶段。在1/4决赛中，南通支云总比分1-0淘汰沈阳城市建设晋级4强。半决赛首回合，南通支云主场1-0小胜陕西大秦之水。[1]两回合总比分2-0获胜晋级中甲。随着南通支云冲甲成功，南通迎来了历史上首支中甲球队。[1]
