理藩院六司分掌爵禄、朝贡、定界、官制、兵刑、户口、耕牧、赋税 、驿站、贸易、宗教等政令。理藩院所辖，先后尚有内馆、外馆、蒙古学、唐古特学、托忒（卫拉特）学、俄罗斯学，木兰围场、喇嘛印务处，则例馆等机构。
理藩院四司，即录勋司、宾客司、柔远司、理刑司

1、稽查户丁
蒙古地区十八至六十岁皆应登记入册。每隔三年一次稽查，先由理藩院请旨，发给各旗空白造册，再由各旗首领其将三年内裁添人丁数目详细登记载入，在十月内报理藩院。
2、征收税款
理藩院还具有征收税款职能。边疆少数民族地区的税款征收原本是由地方官办理的，但由于地方官征收的标准和数量难以统一，乾隆帝决定把征税职权收归中央，由理藩院派专员前往征税。
3、理藩院对各盟旗下的军用物资定期进行简约管理
4、作为管理边疆民族特别是蒙古、回疆及西藏事务的中央机构，理藩院管辖着蒙古、回疆和西藏地区的民事、行政和刑事等各项案件。理藩院是清代蒙古及回疆地区的上诉机构，掌管着一般的刑事、民事案件，对于大多数的普通案件来说，其具有终审权。
5、乾隆年间，由清政府所建的喇嘛教寺院由理藩院负责，当时理藩院负责管理的40座寺院，由朝廷派驻喇嘛，京师理藩院管理并逐月按人数由理藩院发放饷银