从国家层面推行一套制度改革，他的效果还不很出奇的快，
1904年制定了一套以日本为模式的学堂行政管理规章。在这种制度下，学堂正规教育分为初、中、高三级。为7至12虚岁的学生开办初等小学堂，为12至16虚岁的学生开办高等小学堂。中学堂则为16至21虚岁的学生开设。高等学堂收21至24虚岁的学生。分科大学则收24至28虚岁的学生，最高一级则为通儒院。通儒院或分科大学的毕业生被授予进士功名；高等学堂毕业生被授予举人功名；中学堂和高等小学堂的毕业生则取得生员（秀才）的功名。这就使新式学堂的毕业生有了正规官员候补者的资格。
政府在纸面上定下这一制度后，就在1905年12月建立了学部，作为中央的教育行政机构。在过去，礼部曾负责科举考试以及与此有关的传统教育事项。可是在甲午战争之后开办的一些西式学堂的行政就没有授权礼部管理。1898年京师大学堂已经成立，由它负责管理新式学堂。但是这所京师大学堂实际上是集大学和学部组织于一身的机构，由于新式学堂的数量增加得太快，它已不能起到管理学堂的最高机构的作用。因此，京师大学堂这时就被定为最高学府，另设学部来管理学堂。
教育改革的成效究竟如何？根据学部的统计，在1904年学堂总数为4，222所，学生总数为92，169人；在1909年学堂为52，348所，学生为1，560，270人。③这些数字表明学校教育有惊人的发展。然而随着这种发展，教育的内容是否有任何实际变化，这还是有疑问的。
首先，由于难以得到合格的新式教育的教师，在大多数新式学堂里不可避免地仍然按旧课程教课。1909年，在教初等小学堂的教师中，百分之四十八是有传统功名的人，他们是毫不了解新式教育的。这就说明为新式学堂获得新教师是多么困难了。
其次，几乎所有私立学堂都由绅士-文人所办，而且大部分公立学堂也是由他们发起而开办的。然而绅士阶级基本上反对政府废科举、建学堂和鼓励出国留学的政策。他们有许多理由来反对。绅士们在地方上享有种种特权，这并非因为他们富有和出身于望族，而仅仅是因为他们曾经科举及第。废除科举就意味着他们的特权要消失。此外，由于他们的子弟通常准备参加这种考试，所以科举的废除将会毁坏所有绅士家庭所享有的和期待着享有的那些特权。因此，绅士-文人作为一个阶级，是始终反对废 除科举的。但清政府终于还是公布了废除科举的法令，此后绅士们机敏地停止了反抗，另辟办学堂以保存他们特权的新出路，因为学堂也能授予毕业生进士、举人和生员的学衔。绅士家族送其子弟入学，希望以此保持他们的特权；因此他们非常热衷于开办学堂，甚至不惜自己花钱来办。
第三，新制度中尽可能地保留了旧东西。例如，由皇帝从高级官员中任命最后考试的总监，让他与学部大臣或督抚一起主持考试，然后对考试合格者授予功名。显然这一程序和以前的程序并无二致。“学堂”与科举考试仅仅一词之异而已。