根据国外对异花君子兰的研究，提出了正是因为黄白花君子兰的稳定的“核子控制基因”（nuclear controller genes）导致的“花青素缺失现象”（absence of anthocyanin），也就是阻止“花青素”产生的现象，从而导致稳定地开黄白色花。进而又提出了孟德尔遗传定律在黄花君子兰繁殖中的应用世界上已知的绝大多数黄花君子兰品种都属于单基因隐性遗传的突变品种,其中两种基因突变类型最常见,分别被命名为一组黄花(Group 1 Yellow) 和二组黄花(Group 2 Yellow)。我国引进的异花主要从南非、新西兰、美国等引进的，这样就造成了异花基因的混乱，如果要做好异花的国兰化，就要在繁育时将一组黄花(Group 1 Yellow) 和二组黄花(Group 2 Yellow)。两种基因的分开，这需要在繁育过程中的细致工作。如果混乱只有在繁育过程看小苗出绿裤情况和全出红裤来分别了。
　　异花君子兰（父本）与优良国兰（母本）就是用红花做母本，点黄花君子兰的粉。一组（假设基因型为aaJJ，小写字母表示隐性基因，大写字母表示显性基因）黄花与二组黄花（假设基因型为AAjj）杂交，其F1子代基因型均为杂合体（AjAj或aJaJ）,在显性红花基因的控制下，F1子代均开红花，而不是开黄花。以点的是一组黄花的粉为例，则理论上所有F1子代的基因型都是Aa，均为携带隐性黄花基因的开红花的杂交子代。因此，在F1子代不能出现开黄花的苗子，只有进一步杂交才能在F2子代出现开黄花的苗子。
　　F1子代开花后点粉有两种选择：(1)F1子代互相点粉，子代的基因型分别为:25%的子代为aa（开黄花的隐性纯合子），25%的子代为AA（开红花的显性纯合子，不携带隐性黄花基因），50%的子代为Aa（开红花，为携带隐性黄花基因的杂合子）。这种点粉方法虽然F2子代的黄花苗较少，但是有助于叶片质量的改造。（2）F1子代回交父本黄花（指同一棵黄花君子兰，这样能保证基因型一致），子代的基因型分别为：50%的子代为为aa（开黄花的隐性纯合子），50%的子代为Aa （开红花， 为携带隐性黄花基因的杂合子）。这种点粉方法虽然F2子代的黄花苗较多，但不利于叶片质量的改造。
　　注意事项：尽量选择纯系黄花，即基因型为aaJJ (纯一组黄花）或AAjj（纯二组黄花），不要选择杂合型黄花（即基因型为aaJj或Aajj），这样可保证F2子代黄花的出苗率和可预见性。黄花君子兰的基因型目前只能通过点粉育种来证实。
　　怎样在苗期判断是否能开黄花？目前主要是根据苗子叶裤的颜色来判断，青裤的为开黄花的苗子，紫裤或粉裤的苗子一般不能开黄花，但这一点个别也有例外，尤其是二组黄花苗子。应该注意的是，苗子在二年生以内时根据裤色比较容易判断，最好在一年以内苗子时做出判断。超过二年生的大苗子判断的准确率会明显下降。就像小孩的胎记，长大以后会消失。
　　用普通的中国商品兰做母本，国外窄长叶（叶片长700mm）做父本繁殖的F1携带隐性黄花基因的苗子（叶片较父本黄花短且略加宽），请注意裤色是淡紫色的 。一片叶时有的裤很绿，但长到两片叶时裤色变化，叶背出红色，这时就只有留下叶立和纹好的，其它的可以淘汰了。二代时只留下绿裤叶立和纹好；这时可以在与母本回交（在繁殖过程中要注意近亲繁育的问题，在一些过程加入与父母本相近的优良基因），这样循环往复出异花国兰只是时间的问题了。在日本的黄花君子兰以"黄金阁"园艺品种为代表,并在北海道率先培育出宽叶黄花君子兰,中村喜一先生独占鳌头培育出(非原生种黄花君子兰)一个独立体系的黄花君子兰,她的种子是金黄色的.中国黄花君子兰不断地被发现,在长春沈阳鞍山秦皇岛深圳特区河南的濮阳都有人收藏.最为着名的是长春的王继民,他的国兰黄花早在1996年就在长春展出,长春的王殿春的国兰黄花君子兰已经小试生产.我今年内已经去过一次.沈阳的何世忠先生有国兰宽叶和雀兰的黄花君子兰.黄花君子兰国兰化是一种必然性的趋势.从历史现时和未曾到来的黄花君子兰时代,正在一步一步向我们走来并走过去时,我们看到了红花变种之一的黄花君子兰已经是"见怪不怪"了,黄花君子兰正巧在走红花君子兰的路子,时间好象在倒流,黄花君子兰正在被复制为立刀叶利剑叶的中国黄花君子兰。