在《圣剑神域3D》当中，宠物是人类主角的好伙伴，可以帮助主角攻击敌人，对战斗有很大的帮助。《圣剑神域3D》中有59个可见的宠物，还有5个隐藏的宠物，共64个宠物。玩家获得宠物的方法有很多，比如挑战副本、参与限时活动等，其中最简单的获取方法就是宠物召唤。

在《圣剑神域3D》宠物召唤系统中，有两种召唤宠物的方式，即普通召唤和高级召唤。两种召唤的操作方法一致，不过召唤出来的宠物有较大的品质之差。显然高级召唤出来的宠物品质会比较高。每次进行宠物召唤，玩家可以随机获得一只宠物或若干宠物魂。宠物魂集齐一定数量后可以变成整只的宠物。