奥普斯高效液相色谱仪中的色谱仪清洗时应首先要判断污染物的性质，并且能找到适当的溶剂去除。冲洗方法是针对保留较弱的污染物可以以上述方法冲洗。
如果污染是因为重复进样时强保留物质的累积引起的，上述方法可能效果并不如意。可以改用低流速的异丙醇冲洗。但是异丙醇粘度非常大，必须确保较低的流速以免使泵压过高。
如果怀疑柱子被严重污染，可以二甲基亚砜（DMSO）或者二甲基甲酰铵和水按50：50的比例混合用低于0.5ml/min的流速冲洗色谱柱，但我判断你的情况应该不会是严重污染。
其次要注意奥普斯高效液相色谱仪中的流动相。如果说你的流动相经常是带有缓冲盐的，那么你水的比例就应该大些，比如说95%的水，因为盐溶液它是不溶于大多数的有机溶剂的。
若你用的是甲醇水溶液做流动相，可增加有机溶剂的比例来清洗，难洗脱的物质，可以用乙腈来洗，因为乙腈的洗脱能力比甲醇强。最后都要用纯甲醇或纯乙腈来保存。