首先，所有故事都是以着霍金的“平行空间理论”为基础，不懂的可以百度。
时间线一：
所有故事第一次发生，在第一集脱离S4框架餐馆吃饭后，没有长生人绑架他们去未来，正常回S4被破坏的神盾局，重建神盾局，之后情节直接跳到原剧穿越回来以后展开，队员因为没穿越过未来，完全不知道会发生什么，将军很顺利的吸收了重力翁，吸收了黛西，为了逞能对付灭霸毁灭了地球，神盾局在地球快土崩瓦解时候，拯救一部分人类进入了斯塔克他老爹建的灯塔里，然后弹出太空，之后克里人（蓝血人）奴役灯塔，神盾局全军覆没，老死的老死。天鹅座长生人伊诺克发现地球发生毁灭性事件，决定第一次穿越时空拯救地球。但是这条时间线还是随着灭亡继续发展下去，只是衍生了其他时间线。（注：此时间线菲兹正常老死在灯塔）
新时间线二：
长生人伊诺克绑架了除菲兹以外的人员，让神盾局了解了未来（与原剧情相同），并且冷冻菲兹拯救未来的队友，但这里就会出现一个问题，菲兹冷冻后穿越回来会出现两个菲兹，但是一直没有碰面，这其实不奇怪，2018年的菲兹这时候还在老神盾局里和其他队员重建老神盾局（S4老神盾局被炸毁），同时间线一，完全不知道灯塔存在，2091年回来的菲兹和队友直接到了灯塔，这个时间线会有两队同样的神盾局队员干着不同的事，但未碰面，之后剧情同原剧情，只是科森不知道把血清给黛西才能拯救世界，把血清打到自己身上，再次导致世界毁灭，长生人无奈，只能再次穿越绑架他们，衍生时间线三，同理这条时间也随着灭亡继续发展（同时间线一）。