先上角色名单 （英文名首字母顺序）：阿尔法兽（Alphamon）、小智（Ash）、惠比寿（Ebisu）、伊泽瑞尔（Ezreal）、盖奇兽（Gatchmon）、吉尔伽美什（Gilgamesh）纳尔（Gnar）、哈克兽（Hunkmon）、兰斯洛特（Lancelot）、注销兽（Logomon）
把毫无关联的角色搞到同一个故事里的展开我最喜欢了

-子供向，全是子供向-
小智从梦中醒来，看着他的却不是皮卡丘。“是数码兽，不是宝可梦”的哈克兽，自称受师傅顽固兽的指引，来到这个城市寻找传说中的数码兽“阿尔法兽”以求得实力上的突破——同时，顽固兽还说他需要向人类学习，所以哈克兽选中了小智。
哈克兽不自觉地把小智带进了“找到阿尔法兽就能回到原来的世界”的逻辑，小智对于帮助哈克兽变强和见证“传说的存在”都很感兴趣，直接答应了他。
这对斗志昂扬的临时拍档决定向小镇上的居民打探关于阿尔法兽的消息，意料之中的是没有人知道，意料之外的是这些居民都相当一致的没精打采。唯一热闹的是傍晚在中央广场举行的祭神仪式，居民们虔诚地希望城市的守护神惠比寿能够降临于世，为他们带来好运，改变现在的状况——
小智感觉跟不上当地居民的脑回路，哈克兽建议去图书馆查询。他们在图书馆门口跟急不可耐的冒险家-伊泽瑞尔撞了个正着，伊泽瑞尔瞬间就从神态看出小智不是本地人。鉴于图书馆已经闭馆，伊泽瑞尔拉着他俩边找地方过夜边讲起了自己看到的事情。
伊泽瑞尔是满世界旅行的冒险家，清晨来到了这个城市。居民对于他的到来非常惊奇，因为这个城市的信息网络已经和外界完全隔绝，和临近城市的物理距离也相当遥远，最近甚至还在城郊出现了“摧枯拉朽的巨兽”，没有人敢离开，也没有人能进来。伊泽瑞尔当场不服放下豪言壮语说要去搞定巨兽，傍晚终于见到巨兽本体结果没几分钟就被打得落荒而逃。根据他多年来积累的知识经验，这座城市周边的自然环境并不能支撑如此巨兽的生存和繁衍，但自己的的确确见到了巨兽，不是幻术，所以来图书馆查寻史料。
说着就到了半夜宵禁时间，似乎有某种自动防卫装置会对违反者进行攻击，慌不择路的三人被莫名其妙拉进了“暮海侦探事务所”。小智和伊泽瑞尔一看翘着二郎腿的暮海杏子，抛着大家都是陌生人的事实不管赶忙打听关于阿尔法兽和城郊巨兽的消息。暮海杏子说她不知道什么阿尔法兽，自己只是个正在做着所擅长的事情——调查城市信息网络被隔绝和市长对此毫无作为的原因——的小小侦探，至于城郊的巨兽，能够肯定的是它是最近才出现在这里，要打架为什么不去找更擅长的人呢？
太阳再次升起时他们冲进了图书馆。传说中这座城市是很多年前由惠比寿神指引人类建立，历史上则有一位确凿可考的城主吉尔伽美什带领城市走向了繁荣。吉尔伽美什击退了数量庞大的魔兽和侵略者，伊泽瑞尔却没有发现和他昨天看见的巨兽长相相近的插画。
哈克兽相信这也是试炼的一部分，决意让伊泽瑞尔带他去寻找巨兽，小智也说要帮忙。这回在城郊，很快就发现了那头咆哮的巨兽。由于配合不到位，以及纯粹力量上的不足，三人陷入生命危险。令哈克兽意外的是，（纯理论上应该是）没有战斗力的小智挡在了已经倒下的他、伊泽瑞尔，和那头巨兽之间。
巨兽即将发起最后的攻击时，第四个人持重剑赶来，鏖战后人类凭借技巧占到上风，巨兽却突然变得跟哈克兽一般大小，颜色清澈而茫然，仿佛根本不知道自己刚才做了什么。变小的巨兽不再咆哮，嘴里说着意义不明但确定是一种语言的话。小智通过交流知道了他的名字是纳尔，并且纳尔自己也不知道自己为什么会出现。
伊泽瑞尔对执剑者吐槽说“为什么有你这样正面一对一能够赢掉他的存在你们还会搞不定他”。执剑者说他叫兰斯洛特，从小生活在这里，知道自己有着“失去理智发狂”被自己刻意隐藏的一面，一直认为居民们说的巨兽其实是他的无意识状态，觉得愧疚和恐惧不敢向居民们坦白，又为了避免伤害居民而离群索居。几个小时前兰斯洛特被暮海杏子通知“有人去解决巨兽了喔”还将信将疑，想要找到他们进行解释，没想到真的有巨兽存在。
几个人远远地看到城市中央有光柱冲天而起，与昨天的祭祀场景完全不同，赶忙往市内跑。半路上哈克兽脑海里响起暮海杏子的声音：危机在网络空间和现实世界已经同时展开，需要有人进入网络空间，他们可以从事务所的终端登入。于是小智和哈克兽拐道进入空无一人的事务所，伊泽瑞尔、兰斯洛特和纳尔直接抵达中央广场。
身披黄金甲的男人在广场中央的祭祀台上傲然而立，除了自己的名字只会叽里咕噜的纳尔看到他忽然清晰地叫出了“Gil——gamesh！”，居民一片哗然。吉尔伽美什承认了自己的身份，表示现在居住在这个城市的人类和他的时代相比起来简直一无是处，唯一有点价值的造物“网络”还被用于无限放大自己的弱小和阴暗，领导者甚至都不承认自己的狭隘，这样的人类没有存在的意义。
吉尔伽美什拎出盖奇兽，嘲弄地说道“这本是你们研究出的搜索引擎，你们——或者说，现在的市长，却用它来遮掩自己的过失，封锁你们的脑子”。伊泽瑞尔这时反应过来，在宵禁时段攻击违反者的正是盖奇兽。纳尔也反应过来吉尔伽美什这是要杀死城市里的所有人，感到异常愤怒，不可控地变身为巨兽试图攻击吉尔伽美什。吉尔伽美什毫不在意，反继续嘲弄到“他在我的时代甚至是不值得记载的野兽，现在的你们却被仅仅一个的他吓到连门都不敢出，这样的人类还有什么价值？”
伊泽瑞尔赶忙去安抚纳尔使他平静，兰斯洛特在一片死寂中开口：“就算终将灭亡，也不过是独立于事情之外的人的看法，身处其中的我们无论如何都无法接受。”
“那就证明自己！证明你们是有价值生存下去的存在！”
吉尔伽美什利用「王之财宝」（Gate of Babylon）展开攻击，居民们尖叫着逃跑。伊泽瑞尔也被惹火了，放开纳尔，三个人同时攻击（其实大多数时候是防守）吉尔伽美什。
小智和哈克兽在数据空间见到了阿尔法兽，原来暮海杏子就是阿尔法兽的人类身份。切断网络联系的是由于城市居民“隐藏但发泄自己污秽邪恶的念头”的愿望而被多次使用，从而进化的人工智能注销兽。现在它已经进化为了终极的重启兽，如果让重启兽重置数据网络，加上吉尔伽美什“重置”这个城市，之前存在的一切都将不留下任何痕迹。
小智绝对接受不了这样的结果，哈克兽却发现自己没有什么想法。阿尔法兽告诉哈克兽：若要成为真正的强者，只有力量还远远不够。
哈克兽当时没能理解，只是遵从小智的指挥和阿尔法兽一同对重启兽进行攻击。但在被重启兽击退后，看着鼓励他的小智和拦住重启兽的阿尔法兽，终于想通自己需要具备合作的精神和信任他人的能力。于是进化为杰斯兽，凭借改写自身数据「超越平凡」（OsGeneris），使用Z技能联合阿尔法兽击溃了重启兽。
之前被吉尔伽美什扔到一旁的盖奇兽爬到屋顶对全体居民大喊“我所能做的事仅仅是搜索，可是，究竟要搜索怎样的未来，输入关键词的，可是你们啊！”
伴随着盖奇兽的吼声，传说中的守护神惠比寿降临，他明确对吉尔伽美什表示自己无论如何都会和人类站在一起，不论人类变成什么样子。就算人类有着这样那样的缺点，他都相信人类。
居民们看到神明降临，纷纷走出家门。从人类的负面情绪中解脱的重启兽从事务所的终端直接实体化，奔赴中央广场用“权限”同时切断了自己和吉尔伽美什与现实世界的联系。
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最后众人在夕阳下道别。哈克兽发誓他会永远记住小智教给他的事情，目送小智被光柱带走后，和伊泽瑞尔沿不同的道路离开了城市。纳尔由兰斯洛特收养，阿尔法兽则继续以侦探暮海杏子的身份生活，下一个目标是利用盖奇兽的能力，找出被市长隐藏的他贪污受贿的直接证据。