室外空气中常见产芽胞杆菌、产色素细菌及真菌孢子等；
室内空气中的微生物比室外多，尤其是人口密集的公共场所、医院病房、门诊等处，容易受到带菌者和病人污染，如飞沫、皮屑、痰液、脓汗和粪便等携带大量的微生物，,可严重污染空气。某些医疗操作也会造成空气污染，如高速牙钻修补或超声波清洁牙石时，可产生微生物气溶胶；穿衣、铺床时使织物表面微生物飞扬到空气中，清扫及人员走动尘土飞场也是医院空气中微生物的来源。
室内空气中常见的病原菌有脑膜炎奈瑟氏菌、结核杆菌、溶血性球菌、白喉杆菌、百日咳杆菌等。其可能引起的疾病主要有脑膜炎、结核、白喉、百日咳等。