制导武器在旗舰选定目标后会自动飞向目标攻击，但如果旗舰使用手动瞄准（OFF）不选定具体目标，那么制导武器会按照选择的方向和非制导武器一样发射出去，同时如果你的其他舰队有自动瞄准选定的目标，会按照锁定目标的顺序进行制导（比如舰队1是S/BOSS，舰队2是L/BOSS，那么哪个舰队先锁定了目标制导武器就会飞过去，目标被摧毁后新发射的制导武器就会飞向时间顺序上下一个被锁定的目标，不考虑舰队顺序）。
目前确定的应用是扩散或者重扩这类不需要选定目标就刚好覆盖刷新范围的武器，配合副炮的制导武器，舰队选用S/BOSS，因为副炮散步大，能够秒杀敌人的情况就相当于一个散步更大的非制导武器，可以增加火力密度，有漏网杂鱼的情况可以依靠制导清理而不用调整主炮射击方向，BOSS战可以提供更集中的点攻击火力，爆炸性武器还可以在BOSS正面造成一片爆炸区域抵挡一定的火力。
别的用处还没想好。。。