原因众说纷纭
琥珀的密度很小，很容易被河流、小溪长距离搬运到浅滩上沉积下来，随后硅藻泥沉积物埋没而逐步形成沉积岩。在形成过程中，同一时期埋没的硅藻类植物很容易分泌出油性物质，这些植物油会贯穿到琥珀的内部，因此就可以在产生的琥珀中看到类似于在煤焦油上看到的蓝色光泽那样的蓝色调。

但以上只能解释琥珀呈蓝色，却无法进一步解释为什么蓝珀所具有的其它特殊属性，如明显的荧光反应多集中在表面甚至不会因为多次抛光而消失；为什么内部特征很少或光看到假骸晶的内部特征；为什么很少看到气泡和流动线等等的。

另一种假说与火山运动和重大的森林火灾有关：
火山运动一般都会引发地壳的晃动或产生强烈的地震，由此带来的局部高压会使得熔融状态下的琥珀发生形变。就如同晶体存在晶格缺陷可以产生颜色一样，形变也可以致使琥珀内部发出微弱的荧光。存在于琥珀内部的气泡和水分也因为形变而被挤了出来。与此同时，周边的石油和其它矿物质在火山喷发所带来的高温高压下也会熔解并灌入到液态的琥珀中。火山运动过后，树脂将再次石化成琥珀。最后形成的琥珀原料就会变得更坚硬、更不规则、裂口多且脆性明显，剥去原料的表皮就可以看到蓝色的荧光。

尽管蓝珀的颜色成因在科学界依然存在着分歧，但有两点是可以肯定：
蓝珀中的蓝颜色不可能是染上去，也不可能是像我们看到的蔚蓝色的天空那样靠光在不同物质中产生折射并在物质表面发生漫反射造成的。
至于蓝珀的最终颜色成因还有待于研究机构和科学家们能开展更深的研究以寻找到充分的证据才能最终有所定论。