除始祖鸟外的其他鸟类全属于新鸟亚纲，其身体结构与现在的鸟类更为接近，其中白垩纪的一些口中具槽生齿的鸟类，构成齿颌超目，包括黄昏鸟目及鱼鸟目。新鸟亚纲其余成员的口中均不具有真正的牙齿。从白垩纪开始出现，在始新世开始繁荣，共34目。近年来在白垩纪地层中又发现一些已绝灭的不具牙齿的鸟类化石，但大都比较零散。这些新颌鸟类有4个目。近鸡鸟目发现于加拿大艾伯塔省晚白垩世地层，1940年被定名为近鸡鸟，1971年又报道了第二个种，这一目与鸡形目、雁形目关系较密切。戈壁鸟目发现于蒙古戈壁省的晚白垩世地层，1974年定名为戈壁鸟，推测可能是平胸类的早期代表。1981年根据在南美晚白垩世地层采集的部分鸟化石，建立了反鸟属，并认为它在进化及分类上应处于齿颌超目与古鸟亚纲之间，建立了反鸟目。1982年在蒙古又发现一个新的早白垩世鸟化石——傍鸟，并建立新的傍鸟目，指出它有可能是最早的突胸鸟类，和鸮形目较接近。1984年在中华人民共和国甘肃省玉门市附近早白垩世地层中发现了鸟类化石。