针对日常监督中发现国家铁路局系统工作人员持有中国铁路总公司制发的铁路乘车证可以免费乘坐火车，以及铁路乘车证管理不严、公私不分等侵占铁路企业利益的问题，2017年初，中央纪委驻交通部纪检组专门向国家铁路局党组发函，要求对国家铁路局系统工作人员持有铁路乘车证问题进行专项清理。国家铁路党组迅速贯彻落实，清理工作取得明显成效，铁路局系统全体党员干部受到了一次深刻的党纪党规教育，提高了思想觉悟和纪律意识。
开展铁路乘车证专项清理，是深入贯彻落实中央八项规定精神要求的一项具体措施。驻交通运输部纪检组在专门发函的基础上，还多次在国家铁路局党组会、处级以上干部大会等场合强调清理铁路乘车证的重要意义，表明坚决态度。国家铁路局党组多次召开专题会议提高认识、统一思想，专题研究部署铁路乘车证专项清理工作，要求各单位、各部门认真做好干部职工思想工作，确保做到对铁路乘车证彻底清理，不留死角盲区；各级领导干部在严格要求自己的同时，敢抓敢管，主体责任意识明显提高。
经过全面清查，国家铁路局系统共清理出铁路乘车证445张，并于2017年1月15日全部作废，不再办理新的铁路乘车证。国家铁路局从党组成员做起，全系统干部职工因公出差需乘坐火车时，一律按照规定购买火车票，按财务管理规定报销。同时，为保障正常的铁路执法活动，国家铁路局为全系统执法人员发放了铁路行政执法证，制定了《铁路行政执法人员管理办法》，规定“行政执法一般不少于两人、添乘检查列车必须填写《铁路行政执法监察手册》、行政执法证不得用于职工通勤和一般性出差”。
实施铁路行政执法证制度后，驻交通运输部纪检组针对跟踪督查发现的铁路行政执法证管理不规范、使用随意的问题，继续督促国家铁路局党组加大治理力度，防止按下葫芦浮起瓢，还派员赴问题突出的地区铁路监管局进行深入检查，结合掌握的情况对被检查单位领导班子进行约谈，针对存在的问题予以严肃批评和督促整改。目前，规范铁路行政执法证的管理和使用方面取得明显成效。