水质的好坏对太阳能的使用寿命，以及热水的体验感均有较大的影响。地下水烧开之后出现的白色沉淀物，俗称水垢。可能包含两大类物质，其一是泥浆类，其二是碳酸钙、碳酸镁等化合物。它们对太阳能热水器的影响主要有以下三种：
一、堵塞供水管件：这是太阳能热水器用户最易觉察的直观感受。太阳能热水器用了一段时间以后，出水越来越小，直到最后完全不出水。这个时候首先就应该考虑是否水中的泥浆含量过高、水质太硬了。
泥浆堵塞供水管件容易理解，为什么水质太硬也会堵塞管道呢？我们通常说的硬水是指水中的钙、镁离子含量过高。如果是碳酸氢钙、碳酸氢镁形成的硬水呢，我们称之为暂时硬度。
在常温下，碳酸氢钙、碳酸氢镁比较稳定，但它们受热之后便会分解为碳酸钙、碳酸镁（继而生成氢氧化镁）和二氧化碳。碳酸钙和氢氧化镁也就是水垢的主要构成物质。
它们如果和胶粘的泥浆混在一起，很快就会把管道堵住，使得太阳能有热水也放不出来。
二、缩短真空管的使用寿命：碳酸钙、氢氧化镁和泥浆会粘附在真空管的内壁上，就成了吸热膜层和水进行热传导的障碍。一，降低冷水的温升速率，也就是太阳能热得慢了；二，镀膜的热量无法快速传递给冷水，导致温度过高，缩短真空管的使用寿命。
三、损坏温度探头和电加热：这两类物质会粘附在水箱内的温度探头和电加热棒上。久而久之，便会把它们完全裹住，使得探头失灵，电加热棒烧坏。
解决办法：
如果水中只是泥浆，可在用水前端装一个水过滤器，或者现把水抽到水塔中让泥浆自然沉淀再输送给太阳能热水器。如果水中只有钙镁离子之类的物质，那就需要在用水前端加装软水器了。倘若两类物质都有，那就先过滤或沉淀泥浆，然后再用软水器去除钙镁离子。