lefse分析吧 关注:84贴子:146

最近有几位吧友遇到一些问题,我这开个帖子同一解答下

只看楼主收藏回复

1.lefse分析前先把数据在excel做成相应的格式,下面我以微生物相对丰度分析为例,格式如下:
我想做的是NS 与ES 这两个组的对比分析,其中NS有6个重复,ES也有6个重复,每个菌安装如下格式排列,从门到属,一个门列完在列另外一个门。

2.上传数据,直接把文件拖拽到网站上传区域,如下:
文件类型:自动;分类:自动

点击开始:

文件提示上传完成:

注意,注意,注意!问题来了,很多人以为到了这一步文件已经上传完成了,便开始点lefse分析的第一项,结果发现如下问题,没有可用作分类的列或者行。如下:

其实是正常的,因为文件并没有完全上传成功,大家可以看看右边有个文件上传的状态时灰色的,意味着文件并没有完全上传到服务器,所以这个时候也无法完成分析。所以大家得耐心等到边绿后才能进行下一步分析!

漫长的等待。。。。。。
今天先到这,等绿了我在来更新帖子!


IP属地:印尼1楼2017-10-13 00:12回复
    错别字大家可以忽略掉,最近有点忙,没有认真编辑!


    IP属地:印尼2楼2017-10-13 00:14
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      2025-05-09 17:09:22
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      继续之前的帖子,之前提到右侧文件上传变绿变可以进行下一步分析,小编看了下貌似确实存在问题。于是我又从新把之前的文件直接复制然后粘贴到网站的上传面板。然后上传文件:

      过了一两个小时提示上传成功!文件3便是我直接粘贴的。

      进入正题,开始lefse分析:

      点击execute 进行A分析,每一步都要等到右侧的状态栏变绿后才能进行下一步分析!
      后面的步骤前面的帖子也提到过,这就不重复了!


      IP属地:印尼3楼2017-10-14 00:01
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        这里搞出来分类群有点多,图有点长,可以在前面设置LDA的数值来改变分类群的数量,默认是2,也就是p值<0.05,可以把LDA值设为3或者3.5 ,LDA值越高,显著性越高,这样分类群越少,图要好看些!

        最后的cladogram plot。


        IP属地:印尼4楼2017-10-15 19:52
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          你好,我上传excel格式到 lefse网站时,老是不能分析,怎么回事,上传记录那里是绿色的。


          5楼2017-11-26 12:22
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            楼主最近还能做lefse么?我这儿做的话,第一步那儿总是显示未知错误。。页面都打不开


            IP属地:四川来自Android客户端6楼2017-12-04 10:22
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              A)Format data for lefse
              这里打不开


              IP属地:四川来自Android客户端7楼2017-12-04 10:23
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                您好,看了您的帖子受益很多,有一点不太明白,最开始16S相对丰度的excel表是怎么做出来的?


                IP属地:江苏8楼2017-12-06 09:58
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                  2025-05-09 17:03:22
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                  为什么上传数据显示错误?求大神解!


                  IP属地:新疆来自Android客户端9楼2017-12-06 15:27
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                    A)步骤,把上传的数据转成lefse可用格式的,这一步一直报错,请问有解决办法吗


                    IP属地:广东来自iPhone客户端10楼2018-01-15 00:39
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                      感谢楼主的分享!想问一下为什么右侧文件变绿了可A步骤显示还是没有可用的文件呢


                      IP属地:北京12楼2018-01-24 14:45
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                        请问LDA score的值正负说明什么问题啊?谢谢


                        IP属地:江苏14楼2018-02-02 17:41
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                          请问楼主,做出来是下面图片这个样子,是哪里出问题了?


                          IP属地:江苏15楼2018-02-04 19:47
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                            我已经检查过数据没有空值惹。。为嘛还是显示有错误,请问那个竖线是什么格式的竖线


                            IP属地:湖北17楼2018-03-27 09:19
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