织田信长在一生当中最辉煌的也是他最危机四伏的时候；在他正要准备扩展他的事业时，却发生了一件惊天动地的事件，那就是骇人惊闻的“本能寺之变”。本能寺之变发生在日本天正10年6月2日（公历1582年6月21日），织田信长的得力部下明智光秀在京都的本能寺中起兵谋反，杀害其主人信长。几近统一日本，结束战国乱世的织田信长殒命，日本历史也由此被改写。在这场兵变中，明智光秀是发动这事件的始作佣者。
本能寺之变
对于明智光秀的真实意图，普通士兵们是不了解的，他们也并不知道“阅兵”的借口，甚至其中许多人等到信长死亡，还搞不清内中真相。最先攻入本能寺的士兵之一、本城揔右卫门有介在回忆录中说：“那时，太合公（即羽柴秀吉）正在备中与辉元殿下对峙，明智率军驰援，本以为是前往山崎方向，不料却命令进京。因为那时家康公也到了京都，我等都认为这是针对家康公的。”
士兵们认为是信长想要消灭德川家康势力，因此派明智光秀趁夜秘密进军前往京都。这可见即便最下层的兵卒，对于他们的领袖织田信长都报有一种怎样的观感－－信长公是强大的君主，但他毫无信义，诛杀甚至谋杀盟友，对他来说并非不可理解之事。
《耶稣会日本年报》中也说：“……命令把火绳都点了火，铳都上了扳机，长枪也整备好。部下疑惑这是打算做什么，有人认为明智受信长的命令，去杀信长的义弟三河之王（指家康）”。其实当时家康已经去往了界，而并不在京都。
明智大军进至桂川时，光秀终于下达了详细的命令：“都去掉马蹄上包裹的东西，士卒脱掉草鞋，换上足半，铁炮手把火绳切成一尺五寸长，并将两端都点燃。随时准备战斗！”渡过桂川后，他鼓舞士兵说：“从今日起，殿下即将成为天下人，即便如提鞋的低贱之辈亦当欢欣踊跃，竭尽忠勇。吾辈士卒有两处目标（指信长下榻的本能寺，和信忠下榻的妙觉寺），树立武勋便在今日。有什么愿望现在尽可以说出来。有兄弟子嗣之人自不必担心无人继承家业，无兄弟子嗣之辈尽可从自己的亲属中选出关系亲近者继承家业。众人封赏之高下，全系尽忠之深浅！”然后一指远方：“前进，敌在本能寺！”
信长之死
六月二日清晨，明智叛军把本能寺包围得水泄不通。当时跟随在织田信长身边的，只有小姓数十人。据说信长最初猜测道：“是城介有异心吗？”城介指的是秋田城介，也即其长男织田信忠，信忠近在咫尺，信长大概是想到了老丈人斋藤道三的往事，以为亲儿子想要夺权篡位吧。由此可见，他对光秀谋叛，是毫无心理准备的。
很快，织田信长本人出现在明智兵卒面前，他与最后的亲信森兰、爱宕神社丸、森力丸、森坊丸、小河爱平、高桥虎松、针阿弥等人共同奋战，最后负伤退入内室。不久以后，内室燃起熊熊的火光，一代霸主就在烈火中灰飞烟灭，时年四十九岁。
由于织田信长的死，使得“打破旧体制，不问门第选人才”的改革戛然而止。