明清时期,虽然有少数皇帝沈迷于道教,但由于政治因素以及道教更为世俗化之后,使得道教教义无有进展,科仪更为繁杂,道士们多唯利是图,使得士人逐渐轻视。
明朝时,道教派别被官方正式分为正一和全真两大道派。正一道更受到官方的重视。而官方吸取了元朝下层人民利用民间宗教进行起义和道教发展过滥的教训,制定了完善的管理制度,加强对道教的管束。
明朝时期的道教对文化思想领域产生了重大影响。例如出现了以转写鬼神故事为主题的神魔小说。
进入清朝以后,道教的发展开始衰落,理论上的发展趋于停滞,在社会上的影响力也开始减弱。

经过红巾军起义,明朝廷对道教进行了极大的限制,道教主要于上层活动,研究房中术