熊廷弼镇守辽东，居功至伟，其终被问罪，大致有两个原因。
一是党争之害。明末朝政腐败，党派林立，党争迭起。以原吏部郎中顾宪成为首，一批下野官吏在无锡东林书院讲学，讽议朝政，一部分在职官吏如赵南星等也遥相应合，东林党因此得名。与此同时，另有一批官吏士绅组成浙、齐、楚、宣、昆各党派。这些党派既互有矛盾，又互相利用。其中，以东林党人势力最为强大。
起初，乃是东林党与齐、楚、浙三党之争，后来则演变为东林党与阉党之争。到明熹宗天启年间，东林党人得势，浙、昆、宣各党派受到排斥。于是，以魏忠贤为首的阉宦便与浙、齐、楚、宣、昆各党中的一部分人结成联盟，被东林党称为“阉党”，形成了直接对抗。照理说，熊廷弼原为楚党，与东林党人并不是一路人。但是，当时的东林党代表人物杨涟等人，曾在辽东军事等问题上为熊廷弼说过好话，熊廷弼同后来所谓的“东林党六君子”也有不错的个人关系。这一切，都为其最终的杀身之罪埋下了祸根。
据《明史》记载：“天启元年，沈阳破，应泰死，廷臣复思廷弼。”甚至有人感叹：“使廷弼在辽，当不至此。”于是，熊廷弼被召出山，重任辽东经略。
然而，阉党们不放心，“搭班子”的时候，生生替他配了一个叫王化贞的巡抚。《明史》评价曰：“化贞为人而愎，素不习兵，轻视大敌，好谩语。文武将吏进谏悉不入，与廷弼尤抵牾。”熊廷弼虽为辽东经略，却无实质的兵权，而握有实权的王化贞却好大喜功，盲目冒进，与熊廷弼的“防守策略”大相径庭。《明史》中说：“廷弼主守，谓辽人不可用，西部不可恃，永芳不可信，广宁多间谍可虞。化贞一切反之，绝口不言守。”
应该说，熊廷弼的策略是正确的。然而，熊廷弼与王化贞之间，虽说是上下级关系，可是王化贞自恃朝中有人，根本不把熊廷弼放在眼里。这一切，直接造成了广宁兵败，致使辽东尽失。

兵败问罪，朝廷震怒，下令处置败军之将，《明史》记载：“二月逮化贞，罢廷弼听勘。”一个是逮，一个是勘。显然，朝廷对两人的定罪是有差别的。然而，最后的决议却是“廷弼、化贞并论死”。
熊廷弼为保命，曾托一个叫汪文言的人向魏忠贤行贿，要四万两。但熊廷弼根本拿不出这笔钱，“既而背之”。于是，“魏忠贤大恨，誓速斩廷弼”。此时，正值“东林六君子”案发，杨涟等人被下狱。魏忠贤便指使人诬陷熊廷弼也曾向杨涟行过贿，将熊廷弼行贿之事与“东林党案”硬扯在一起。“甚其罪”，“党同伐异，招权纳贿”，那就是罪加一等了。魏忠贤的党徒冯铨，还趁着陪皇帝吃饭的时候，拿出一本民间流传的《辽东传》，上面有记载熊廷弼英武善谋的言辞。冯铨挑拨说：“此廷弼所作，希脱罪耳。”于是“帝怒”。

第二个原因乃是熊廷弼的性格所致。《明史》说：“廷弼身长七尺，有胆知兵，善左右射。自按辽即持守边议，至是主守御益坚。然性刚负气，好谩骂，不为人下，物情以故不甚附。”也就是说，熊廷弼的脾气不太好，遇事特别容易激动，也因此得罪了不少人。此评价，甚为形象。
熹宗初立之时，有人“劾廷弼无谋者八、欺君者三”，也有人说他经略辽东失职。熊廷弼的反应是什么呢？《熊廷弼传》说“廷弼愤，抗疏极辨，且求罢”，“廷弼益愤，再疏自明”，甚至公开“掼纱帽”。说到激动的时候，“抗疏辨，语颇愤激”，即使皇帝在场，也从不忌讳。但凡有人弹劾，他总是要抗辩上疏一番。因此，给满朝大臣留下他根本听不进任何意见的深刻印象。万历皇帝在，可以包容他，但熹宗皇帝不会。
熊廷弼同王化贞的矛盾，虽说责任在王化贞。但熊廷弼也有责任，他反对王化贞的军事策略，又无法阻止，便上疏告状，话说得很难听，且不留余地。王化贞自然心存不满。到王化贞兵败之时，两人相见，“化贞哭”，熊廷弼却微笑着说：“六万众一举荡平，竟何如？”弄得王化贞无地自容。两人同被朝廷究责之时，熊廷弼依然故我，态度不好；相比之下，王化贞伏罪，痛哭流涕，态度倒是端正。
凡此种种，都说明熊廷弼是不谙为官之道的。恃才自傲，这在任何时候的官场都是危险的，毕竟不是每一个领导者都有胸襟。

天启五年（1625年）八月，有“盖世之材”的熊廷弼被处死。据说，熊廷弼临刑之际，胸前仍挂着一个小布袋，袋中之物乃“辩冤疏”。熊廷弼辩疏了一辈子，或许至死也没明白，官场的许多是非是辩不明道不白的。熊廷弼身首异处之后，因为朝廷追赃，其长子熊兆自杀。其老家江夏的一个小小知县，都要来敲竹杠，索要“貂裘珍玩”，甚至将熊家两名婢女的衣服褪去，笞打四十，“远近莫不嗟愤”。
直到崇祯二年（1629年），熊廷弼案才得以昭雪。“传首九边”的熊廷弼才身首合一，得以归葬。其墓在今武汉青龙山国家森林公园之中，并有熊公祠存世。而王化贞却苟活到崇祯五年，才被伏法处死。
后人曾感叹：“廷弼不死于封疆，而死于时局；不死于法吏，而死于奸珰。”读之思之甚痛。

熊死得冤，王死得该。

可是人都应该先会保命啊