某海海域，海水碧蓝，风景优美，却令前来潜水者心惊胆战。十几年来，有几十余人命丧于此。，目暮警官介入调查，从远古到现代，发现居然有大量失踪案在此发生，这到底是怎么回事？
目暮警官到达此海域，沿岸浪柔沙软，波澜不惊，是水上休闲运动的绝佳场所。在东部沿岸有个名为古赛尔的港口，这里风景秀美，连绵的山峦与海岸遥相呼应，宛如人间仙境。来自世界各地的潜水爱好者也纷纷相聚于此。然而，近些年来，有一些潜水爱好者却接二连三地在水下神秘失踪。可当地的警局认为，这些潜水员失踪事件，只不过是偶发的事件，根本没有引起重视。
一天，警局再次接到当地一起报案：两名来自德国的潜泳爱好者在距离海岸50米处的水下离奇失踪，当时的天气风和日丽，一点风浪都没有。
他们的同行伙伴当时被留在船上，他指着出事地点说：“他们先是潜入水下，然后游上水面向我说有一个发现，在海底深处发现一个奇异的闪光，他们十分好奇。这海底闪光时而亮，时而熄。于是他们第二次返回那里观察，我等了很久，可他们就再也没有上来。”
这么好的天气也有人失踪？这引起一个人的特别关注。
目暮警官邀请了他的好朋友兼名侦探毛利小五郎，，十分擅长调查一些离奇古怪的案件，在他强烈要求下，6月底，他被调到古赛尔，调查潜水爱好者离奇失踪案件。
在随后的两个月里，在同一地点居然又先后发生了两起失踪案件。一名来自德国和两名来自以色列的潜水爱好者相继失踪。同伴都称，在出事前，他们都浮出水面说看到了海底有闪光。柯南和毛利小五郎在翻阅了当地警察局的档案后发现，从1976年至今，已记录下10多起类似的悲剧事件。所有失踪者全是从事潜泳运动者，而且每次事发后，都找不到失踪者的尸体。
随着潜水者离奇失踪案被当地媒体渲染，人们众说纷纭。有人说是海怪作祟，有人说是人为的连环谋杀案，更有一些信奉神明的人说这是惹怒了海神。同时，人们也质疑警方的办案能力，这令目暮警官和毛利小五郎倍感压力。
百无头绪，毛利小五郎和柯南去拜访了他的一位生物学好友曼德林，曼德林专注研究海洋生物，特别是这一带的海洋生物。毛利小五郎凭直觉认为，红海有许多稀有的海洋生物，也许是这些海底动物袭击了那些潜水者。

据毛利小五郎和生物学家分析，这些潜水员离奇失踪，很有可能是鲨鱼所为。一直以来，他都在关注红海海域鲨鱼袭击人的现象。在过去10年，红海海域发生了十余起鲨鱼袭人事件，其中至少有6起事件是一头白鳍鲨所为。为了跟踪这头白鳍，毛利小五郎和生物雪茄在它身上安置了GPS定位装置。每当有潜水者被袭击时，曼德林发现这头鲨鱼就在事发地点附近。而所谓的海底发光，毛利小五郎认为是海底的一些特殊矿物质所起的化学反应。
为了验证曼德林的推断，毛利小五郎带着柯南，带领了一只蛙人小队，去事故地点勘查。这一次，艾哈迈德命令潜水小队特别留意海底有什么异常的物体。
在进行了一周的海底扫荡后，潜水员们有所发现：他们在事发地点的海底发现了许多神秘的古代雕像的头部，有鼻子和眼睛的轮廓，它的表面被海水冲刷得十分光滑。这很可能是古埃及文明留下的遗物。但是，艾哈迈德并不能断定，这个石像和潜水员的失踪有任何关系，神秘的发光源也一直没有头绪。
一个月后，又发生一起意外事件：一名意大利女潜水爱好者，在那个海底石像附近潜泳，因为一种异常的感觉而回到船上，后来就莫名其妙地休克过去，她说只是触摸了一下那块水下石像，因为它闪烁着白光。
凭直觉，艾哈迈德觉得这些石像大有问题。如果说石像对人有攻击性，那么鲨鱼也会受到攻击，况且鲨鱼如果吃人，会留下尸骨，可是那些失踪的潜水者至今都没有找到尸骨的下落。毛利小五郎和柯南运用统计学发现，这些悲剧事件都发生在白天，而且人员失踪的日期均和满月日期相吻合。在大多数情况下目击者都提及过那些水下石像周围散发着神秘闪光。
为了研究这一水下的神秘闪光，毛利小五郎和目暮警官派人把它拍成电影胶片，并求助于海洋学、光学等有关专家观察研究。但它的光源是何物，从何而来，一直都没有结果。
潜水者失踪案已经成了悬案，可是毛利小五郎一直没有停止调查。他去民间收集了许多传说，希望能对这些石像有进一步了解。
一名史学家告知他，海军上将亚历山大·马可顿斯基的舰队就是葬身于这个海域，而且消失得无影无踪。那么，马可顿斯基的军舰是否和这海底石像有关？这都无从得知。
2013年3月，法国探险队在地中海也就是埃及北岸海域，发现了1200年前神秘消失的埃及古城伊拉克利翁。这是公元前8世纪，埃及艳后（女王）克丽奥佩特拉举行登基时的神庙所在地。这座在海底下被重新发掘出来的失落之城，既是贸易和朝拜中心，也是克丽奥佩特拉和其他托勒密法老的祭祀场所。可能由于地震或者海平面上升，导致这座在当时有着先进文明的古城一夜消失。

有科学家用3D地图技术，重建了这座在海底沉睡千年的古城面貌，市中心的太阳神庙、运河等景观，让世人得以重睹它当年的繁华。并且，许多尊花岗岩巨像被探险队从海底捞出。其中有尼罗河之神哈比神，还有战神赛特，以及太阳神等诸神。
这无疑是一个惊人的发现！柯南激动不已，他从报纸上得知这一新闻后，连夜赶到了地中海。
不枉此行，毛利小五郎和柯南发现了一个重要的线索。经过石像对比，他发现，被打捞上来的战神赛特无论是神态或者形状，都很像那些海底石像。赛特在埃及神话中是力量之神，战神，风暴之神，沙漠之神以及外陆之神。
而且，从3D图上发现，战神的分布都是位于古城的靠海海底。也就是说，这可能是当时城市的防守设备，一方面利用战神来鼓舞士气和威慑敌人，另一方面用某种方法对敌人进行攻击。而这和海底石像群的分布也有着惊人的雷同。
对此，柯南的结论是，那些海底石像所在地，和古城伊拉克利翁一样，是古埃及的城市，于1200年前沉没。这些石像群是守卫着海滨防范敌人进攻的“卫士”。这些神秘“卫士”用某种至今未知的科学现象来攻击前来进犯的敌人。如今，它们那消耗殆尽的杀伤力只是在满月前夕才表现出来，但它仍具有一定的杀伤力，足以使疏忽大意的潜水者毙命。
正在柯南和毛利小五郎苦苦研究海底石像的杀人方法时，目暮警官得到消息：负责看守战神石像的警卫离奇死亡！
据警局传来的现场照片看，死者是一名警察。其面目狰狞，一看就知道是在死前受到了极度的惊吓，他的死因就是由此引起的心脏骤停。报告中写道：当时这名负责看守石像的警官玩忽职守，在禁烟区吸烟触动了消防灭火系统，天花板上的喷头将水喷在了石像上，这名倒霉的警官突然发出惨叫，飞速冲出屋外，然后抽搐了几下，当场死亡。
这让目暮警官想起了曾在美国引起轰动的一个案件。当时，几个盗墓团伙从神庙中盗得了一尊青铜铸就的马杜克神像，可是这个团伙没走多远竟然个个丧生全军覆没。这让所有人都觉得莫名其妙。而随后法医的鉴定结果更是让人匪夷所思——这些人均死于极度惊吓后引起的心脏骤停。
直到耶鲁大学的科学家们，在实验室里用全息光学扫描系统扫描时才发现，这尊神像是空心结构，在神像的内侧，布满了一圈圈奇怪的水波纹线条，就好似现代镭射唱片一般。而在神像外侧，则以一种奇怪的规则，分布着几个风口。当风自这些风口灌入，通过这些波纹的震荡，就会形成声波振动，达到播放唱片一般的效果。
但是，这些声音根本就不是放给人听的。因为人耳所能接受的声波频率为20—20000赫兹，而神像所可能发出来的声音，却属于频率低于20赫兹的次声波，这些次声波其实就是引发前面一系列离奇案件的真正凶手。

20世纪30年代，美国一位物理学家曾经做过一次试验。他将一台次声波发生器放进了一个正在出演喜剧的剧场，而他坐在自己的包厢中观察动静：只见在五分钟后坐在次声波发生器附近的观众开始出现惶恐不安的情绪，并且迅速蔓延到了整个剧场。而就在短时间之后，离次声波发生器最近的观众甚至开始出现了控制不住自己癫狂情绪的现象，险些引发严重的后果。
在此之后，次声波对于人体的影响才进入科学家的研究视野。经过研究发现，由于人体内部许多器官的振动频率与次声波的振动频率相近，倘若外来的次声频率与人体内部器官的振动频率相似或者相同，就会引起人体内部器官的共振。
次声波穿透人体的时候，非但有可能导致种种的情绪波动或者幻觉，还可能破坏大脑神经系统，造成大脑神经系统的严重损伤。特别是当人的腹腔、胸腔等固有的振动频率与外来次声频率一致时，更易引起人体内脏的共振，使得人体内脏受损而丧命。
难道这个战神石像也是空心的？果然，经过仪器扫描，这个石像真的是空心的！其中也有一些小纹路。真相终于大白于天下了！
这和前面所说的铜像不一样的是，石像中的纹路只在水中才会产生作用，潜水者都是触摸了石像，引起了周围水流的异常，触发了石像中的正常水流。于是，石像就会产生声波。在警局中，灭火系统将水喷在了石像上，水流通过石像内部，产生了次声波。
艾哈迈德也同样明白了这些石像的作用，古埃及用这些石像抵御敌人从水下偷袭进攻城市，就如同战神一样，将敌人消灭干净。至于那些红海的潜水者，一定是触碰了这些石像后，引起的惊恐，奋力朝着深海游动，然后溺水窒息而亡。
真相终于大白，长达十余年的悬案揭晓。消息经媒体一公布，寂静了多时的红海海岸再次喧嚣起来，迎接着世界各国的潜水爱好者。