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乾隆年间，因《明史》修成，而实录又残缺，遂从大学士三宝之请，于乾隆四十八年（1783年）三月，将库存《明实录》及《皇明宝训》共4757本，移出史馆一并焚毁。此后，就只有明史馆传钞的那部实录为最善之本了。而随着岁月的流逝，这部实录亦日渐残破。民国年间，实录藏于北平图书馆中，称为红格钞本，其后经过辗转迁移，现在则藏于国立故宫博物院图书文献馆。
乾隆皇帝编《四库全书》后抄了7部，“北四阁”的4部藏在皇宫和皇家园林中，大臣、翰林经批准可以前去查阅；“南三阁”则准许一般士子赴馆阅录；还有副本一部，藏翰林院，传布士林。
　　乾隆编《四库全书》时毁、禁书，一方面是因为清朝作为少数民族统治中国，比明朝多了民族问题这个敏感点；还有一个很重要的原因是这部书不是仅仅编给自己看的。但是却是想让人看了之后觉得没有不对，似乎是就该做他们的奴隶，而不是应该有自己的思想，自己的想法，没有自由的言论。季羡林先生评价《四库全书》：“嘉惠学林，功在千秋。”，《四库全书》一个很重要的积极意义就是打破了私人藏书、密不示人的局限，使当时的读书人也能从这个文化大工程中受益，同时也受到愚化。
　　由于清朝把对其统治不利的书排除在外，产生了“使天下士子阅读，永不会觉得我们中国的作者里面，也曾经有过很有些骨气的人。”（鲁迅语）的后果。《四库全书》收书和毁书数量：
　　先说收书：《四库全书》有不同版本，收书数量略有不同，第一份告成时收书3461种，79309卷，后来的文津阁本收书3503种、79337卷。
　　再说毁书：编《四库全书》毁、禁书数量不同专家给出不同数字，大致毁、禁、改书也达到3000余种。
　　乾隆把天下书收集来，一半毁了、一半收入《四库全书》。而且不仅毁书，还借此大行文字狱。以至于“九州生气恃风雷，万马齐喑究可哀”矣。事实上，当时清廷征集到的书总共12237种，除了被收录和被毁禁外，那些编纂者认为价值不大的书，仅在《四库全书总目》中仅存其名，列入存目，这类著作共有6793种、93551卷，比收入《四库全书》的著作多出将近一倍。这些存为书目的书是不允许留存和传播的，虽然没有明毁明禁，却不允许收藏，之所以只存个书目，不过是为了以示这些书知道就好，没有必要看罢了，实际上真的没有必要么？明末清初的科技科学著作都被付之一炬，明代《军器图说》罗列了各种火器,图文并举,叙说军器之制造，使用与威力等，却被焚毁。《崇祯历书》《天工开物》等决定着中国科技的一系列著作统统被毁，以至于后世之中华，不识不知科技为何物，积贫积弱。《军器图说》的那一句“夷虏所最畏于中国者,火器也”成了对满清修《四库全书》最大的嘲讽。

《四库全书》其实是一部“四不全”的次品乃至废品。何谓“四不全”？因为在编修过程中，数目惊人的书籍遭到了焚毁、删削、篡改、错讹的厄运，而这一切都是蓄意为之。 一、焚毁《四库全书》收录全文的图书一共有3461种，成书79000卷，近7.7亿字。编修中明令禁焚的书籍就有3000多种（估计禁毁6766部，93556卷），禁毁数超出收入的总数，这还不算上因当时诏令上缴违禁书籍在民间造成的恐怖氛围，百姓偷偷焚毁的书籍，合计起来被毁掉的书籍恐怕不止万部，这实在是空前绝后一场文化大浩劫。二、删削只举几例，据黄裳先生考证：乾隆四十一年诏令：书籍内如有只须删改的字句，就不必因此而废掉全书；乾隆四十四年，禁网已注意到地方志；乾隆四十五年，注意力伸到野史诗、演戏曲本、小说等俗文学领域；乾隆五十年，改《明末纪事本末》中“吴三桂击走李自成”为“清军击走李自成”。 三、篡改鲁迅先生就说过：“清人篡修《四库全书》而古书亡，因为他们变乱旧式，删改原文。” (《病后杂谈之余》) 不但与清代统治者利益密切相关的明人作品遭到大力剿灭，而且殃及两宋。如岳飞的《满江红》名句“壮志饥餐胡虏肉，笑谈渴饮匈奴血”，被改为“壮志饥餐飞食肉，笑谈欲洒盈腔血”，因为“胡虏”、“匈奴”在清代是犯忌的。最荒唐可笑的是辛弃疾的《永遇乐·千古江山》：“斜阳草树，寻常巷陌，人道寄奴曾住”，被改作“人道宋主曾住”。“寄奴”本是南朝宋开国皇帝刘裕的小名，与犯忌的“胡”“戎”“夷”“虏”等并不相关，可是奴才们害怕专制淫威，为保险起见“觉悟高”，须知“狗总是跑在最前面的”。 四、错讹戊戌变法时支持新法的陕西进士李岳瑞，在其笔记《悔逸斋笔乘》中提到乾隆御制、四库馆臣校订的武英殿版《二十四史》。“曩读武英殿本《二十四史》，惟《史》、《汉》、《国志》校勘无愧精审，《晋书》以次，则讹字不可枚举。”是四库馆臣的疏忽吗？不是。这是四库馆臣、内府官员、太监共同表演的取悦皇帝的“哑剧”——故意留下些容易看出的错误，等待喜欢校书的乾隆看到后标出，再对馆臣的“不学”降旨申斥，从而“龙心大悦”，觉得自己的学问也在“皆海内一流，一时博雅之彦”的四库馆臣之上。“然上虽喜校书，不过偶尔批阅，初非逐字雠校，且久而益厌。每样本进呈，并不开视，辄以朱笔大书校过无误，照本发印。司事者虽明知其讹误，亦不敢擅行改刊矣。”从上述可以看出，毁、删、改，包括留下的大量错讹，都是蓄意而为。深究缘由，就不得不剖析乾隆编修《四库全书》的真实意图了。在费正清的名著《美国与中国》中，他鲜明地指出了清朝统治者编纂《四库全书》的真实用意：“通过这项庞大工程，清廷实际上进行了一次文字清查（文学上的“宗教裁判”）工作，其目的之一是取缔一切非议外来统治者的著作。编纂人在搜求珍本和全整文本以编入这一大文库时，也就能够查出那些应予取缔或销毁的一切异端著作。正如L.C.古德里奇所论证的，这是最大规模的思想统治。”

乾隆年间前后一百多起文字狱，其中大型的十一起，哪怕只是普通一首诗，出现一点他认为不好的字眼，立刻说杀就杀！别说平民百姓逃不过，好些大臣都遭殃。还讲究“满汉平等”，不信看满族大臣鄂昌，世代为大清效力的忠良，就因写的诗里出了个词“胡儿”，给赐死了！
如此心态加狠手，后人看上去文化繁荣，且充满皇帝微服私访趣事的乾隆年间，就成了空前恐怖的年月，莫说是文人吟诗作画，就连高官们也不敢写日记，相互间连书信都不敢写，照着乾隆年间名臣梁诗正的感叹：自己能平安活着退休，最重要的秘诀，就是从来不写东西，甚至有文稿，也要赶紧点火烧了！高官都这样，民间可想而知！
乾隆三十八年起，打着编纂《四库全书》的旗号，清王朝开始在民间撒网搜刮图书，为了叫官员们领会精神，乾隆皇帝甚至还顺势发起几次文字狱，好些没反应过来的官员，更是狼狈倒霉，别说搜书不力要治罪，就连拍马屁拍错也不行，比如贵州巡抚韦谦恒，此人响应乾隆皇帝圣旨，积极搜刮了大批禁书，然后卖力表决心：皇上您不用亲自烧，我在贵州给您烧就行！乾隆直接罢了他的官，一来没亲眼见到不放心，二来暴露了他的目的。
于是，就这样一级压一级，很多地方的府衙，为了搜刮藏书，什么损招都使，除了挨家挨户搜查，挖地三尺找，还有官员穿上便装，深入到民间查访，发现谁有禁书，立刻就动手。好些官员还走起“杀熟风”，专挑自己亲戚下手，拼命检举揭发藏禁书的亲戚！查的禁书越多越升官发财，不坑你坑谁？
就这样，在大清朝举国官员的搜刮下，大批禁书如乾隆所愿运进京城！乾隆皇帝早在武英殿上起了大炉子：烧！之后的几年里，这个大炉子里，始终烈火熊熊。比如明朝的火器图书，科学读物，宫廷档案，凡是体现明朝辉煌的，经常要烧！再比如记录后金以及清初年代，诸如圈地等野蛮丑恶历史的，当然也要烧！每一堆纸张被投入烈火，都意味着价值连城的宝贝被毁！
而与这烧书一样无耻的行为，还有改书，比如清军入关后大屠杀的材料，好些都被改的面目全非，脏水差不多全往李自成张献忠这些农民军身上泼！比如这一段雍正说的脸都不红“至于我朝之于明，则邻国耳。且明之天下丧于流贼之手。是时边患肆起，倭寇骚动，流贼之有名目者不可胜数，而各村邑无赖之徒乘机刦杀，其不法之将弁兵丁等又借征剿之名肆行扰害，杀戮良民请功以充获贼之数，中国民人死亡过半。即如四川之人，竟致靡有孑遗之叹，其偶有存者，则肢体不全、耳鼻残缺，此天下人所共知，康熙四十五年间，犹有目覩当时情形之父老垂涕泣而道之者。且莫不庆幸我朝统一万方，削平群冦，出薄海内外之人于汤火之中而登之袵席之上。是我朝之有造于中国者大矣至矣。” “而我朝兵威甫及，如摧枯拉朽，只经山海关一战，流贼即亡魂夺魄，奔逃溃败。由是而论，我朝之兵力声势，与明何啻相悬云壤乎？设若取明之天下，已早取矣，何待流贼之摧残乎？惟以仁义为心，不肯代有其国。本朝之光明正大若此”

即使有如此残暴的手段，但在乾隆年间时，依然有很多耿耿风骨的人们，也许身份卑微，也许默默无名，却以伏胜冒死保护尚书的勇气，冒死抢救下珍贵典籍。从20世纪起至今的一百年里，越来越多曾经被禁毁的典籍，正陆续抢救成功，重见天日。中华文明，历经这般浩劫，终于未死，今日正在复兴！那些也许无法探究名字的人，默默保护图书的人，也许柔弱，却一样有着英雄的刚强，值得好好的纪念！

可惜三朝兵事没能完整保存下来太可惜了，尤其天启崇祯，使得很多事真想挖掘困难

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