例如某些患有先天性疾病的婴儿，如苯丙酮尿症的婴儿，由于其体内缺少苯丙氨酸羟化酶，不能使苯丙氨酸转化为酪氨酸，而造成苯丙氨酸在体内的堆积，严重的可干扰脑组织代谢，造成功能障碍，以致这类患儿生后常表现为智能障碍，毛发和皮肤色素的减退，临床出现头发发黄，尿及汗液有霉臭或鼠尿味。因此一旦确定诊断，患儿就应避免苯丙氨酸饮食的摄入，虽然母乳中苯丙氨酸的含量较牛奶明显为低，但这些婴儿还是最好不吃母乳或仅吃少量母乳为宜，平时应摄入不含苯丙氨酸的特制奶粉或低苯丙氨酸的水解蛋白质，再辅以奶糕及米粉、蔬菜等，并应经常检测婴儿血中苯丙氨酸的浓度。
还有一种疾病叫乳糖不耐受症，它是由于患儿体内乳糖酶的缺乏导致乳糖不能被人体消化吸收，临床常表现为婴儿吃了母乳或牛乳后出现腹泻，由于长期腹泻不仅直接影响到婴儿的生长发育，而且可造成免疫力的低下引发反复感染，对于这部分患特殊疾病的婴儿也应暂停母乳或其他奶制品的喂养而代之以不含乳糖的配方奶粉或大豆配方奶。至于患有某些疾病的母亲，如肺结核、精神病、恶性肿瘤等，她们的婴儿也不宜吃母乳。