清史稿云:“疆帅之重,几埒宰辅。选材特慎,部院莫拟,盖以此也。开国而后,戡藩拓边,率资其用。”
伊犁将军设置之初即明确了它的作用——用军事弹压地方以保证新疆安定。因此其人选必以战功显赫者为先,尤其参加过西征行动的将领能担此重任。
阿勒泰地区原是筑城屯兵的重地，又是北面进入新疆的要道，战略地位十分重要。所以在未设伊犁将军之前，该地区就由乌里雅苏台定边左副将军飞行员下的科布多参赞大臣管辖。将军府起初设在绥定城，后因绥定城规模较小，难以容纳众多的衙署和驻兵，遂于1765年移驻惠远城。
为了维护清朝在新疆的统治，中央政府在新疆实施了许多稳边固边的措施：招抚流亡、富兵于农、设立官牧厂、鼓励内地商民出关屯垦、经商贸易、开放与哈萨克等外藩民族贸易政策等。特别是出关屯垦、经商贸易等条，吸引了众多回族人奔赴新疆拓殖。

维基百科：旧土尔扈特部东归
前情：
1698年，阿玉奇派遣大型使团前往西藏。同年阿玉奇儿子桑札布背叛父亲，率领自己的15000帐属民投奔准噶尔策妄阿喇布坦，并打算前赴西藏，不料被策妄阿喇布坦诱捕，属民都被夺去，唯有逃回阿玉奇那里。阿玉奇的使团回归时亦被策妄阿喇布坦拦截，只好投奔清朝，后来到额济纳河畔游牧，成为额济纳土尔扈特。
为了进攻策妄阿喇布坦，1709年阿玉奇遣使绕道西伯利亚，企图与清朝结盟。1712年，康熙派图理琛经过俄国领土，两年后到伏尔加河下游与阿玉奇会面。阿玉奇卒后，1731年雍正再派使者，希望与土尔扈特夹击准噶尔。俄国政府以与准噶尔关系友好为由，代表土尔扈特拒绝。
原因：
由于受到俄罗斯的压迫，心向故土，加上舍棱说服渥巴锡，乘清军占领伊犁未久，前去占领伊犁地区，1771年土尔扈特部首领渥巴锡决定举部东归。但他们到达那里，发现有戒备，不得不投降。
经过：
东归途中土尔扈特人身经百战，同时也损失惨重。今哈萨克斯坦境内的奥琴峡谷，是东归必经之路，然而哈萨克骑兵已抢占隘口；渥巴锡定下谋略，自己正面进攻，另派队伍包抄后面，最后全歼对方。在哈萨克草原上遭到哈萨克人袭击，激战中牺牲了9000多土尔扈特人。
除了战斗伤亡，饥饿和疾病也造成损失：穿过哈萨克草原、绕巴尔喀什湖南端入中国境内哈萨克地界，伊犁将军命令哈萨克人不准渥巴锡通过其地。渥巴锡转道沙喇伯可，又遭到布鲁特（柯尔克孜人）的进攻，不得已北上戈壁。由于水草匮乏，牲畜倒毙，人们只能步行，又因食用病畜血肉而瘟疫缠身。“人皆取马牛之血而饮，瘟疫大作”[1]。此时渥巴锡得知清军已严加防备，且己方人畜死亡过半，无力攻占伊犁，于是在清军常设卡伦以外徘徊。
降清：
伊勒图遣使存问其来意，渥巴锡与众台吉、喇嘛商议数日后，不得已率所部七万余人归降，称前来归附[9]，其部众抵达新疆伊犁，回到他们称为的“太阳昇起的地方”，并献上其祖所受明代永乐八年汉文篆书敕封玉印。舍棱也被迫一同归顺。据载，当初出发的17万人中，“其至伊犁者，仅以半计”。
伊勒图报朝廷后，乾隆皇帝命驻乌什的总理回疆事务参赞大臣舒赫德前往伊犁安抚土尔扈特。朝廷拨白银二十万两及粮草、牛羊、棉布等赈济土尔扈特部众。乾隆三十六年（1771年）九月，渥巴锡赴热河避暑山庄觐见乾隆皇帝，被封为“旧土尔扈特卓里克图汗”。乾隆皇帝虽知土尔扈特内附实为情非得已，仍称赞其“诚心归顺，甚属可嘉”，并“赐予封爵，以示渥泽”[10]；同时在御制诗中表明了处理土尔扈特问题的态度：“弗受将为盗，俾安皆我民”[10]。
乾隆下令在承德普陀宗乘之庙竖起两块石碑，用满、汉、蒙、藏四种文字铭刻他撰写的《土尔扈特全部归顺记》和《优恤土尔扈特部众记》。乾隆帝谕旨安插土尔扈特部于新疆。以渥巴锡所领部落为旧土尔扈特部，以原先附属于舍棱的部落为新土尔扈特部。
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伊犁将军大概和他们是仇人……

其他：
清朝乾隆二十九年（1764年），朝廷自满洲盛京（今辽宁省沈阳市）征调锡伯族军民共3275人西迁新疆伊犁，驻扎察布查尔屯垦戍边，成为“锡伯营”，以200户为一牛录，一共编成八旗八牛录，察布查尔县下辖的各乡镇至今沿用“牛录”的称谓。

维基百科：伊犁将军
伊犁将军之下，设都统、驻扎大臣，分驻天山南北各地，管理本地军政事务。北路设伊犁参赞大臣一员，领队大臣五员，塔尔巴哈台参赞大臣一员，办事兼领队大臣一员。南路设总理回疆事务参赞大臣一员，管理喀什噶尔、叶尔羌（今莎车）、英吉沙尔（今英吉沙）、乌什、阿克苏、库车、和阗（今和田）、喀喇沙尔（今焉耆）等城办事大臣或领队大臣。东路设乌鲁木齐都统，管理古城（今奇台）、巴里坤、哈密、库尔喀喇乌苏（今乌苏市）等城办事大臣或领队大臣。
1763年，在伊犁河北岸兴建了一座城市，乾隆皇帝命名为惠远城，作为伊犁将军的驻地。
从此，惠远城成为新疆地区的首府。又陆续修建了宁远城（今伊宁市）、惠宁城（今伊宁市巴彦岱镇）、塔勒奇城（今霍城县境内）、瞻德城（今霍城县清水河镇）、广仁城（今霍城县芦草沟）、拱宸城（老霍城县城）、熙春城（今伊宁市西城盘子)和绥定城（今水定镇 ，史称伊犁九城。其中惠远、惠宁二城为满营驻所。伊犁将军驻惠远城，绥定等六城为绿营驻所，总兵驻绥定。宁远为维吾尔族(包括塔兰奇)商民聚居之处。伊犁将军办事地方维吾尔人叫东衙门。

将军权限：
伊犁将军设立之初乾隆已明确规定“凡乌鲁木齐、巴里坤所有满洲、索伦、察哈尔、绿旗官兵应听将军总统调遣。至回部与伊犁相通,自叶尔羌、喀什噶尔至哈密等处驻扎官兵亦归将军兼管。其地方事务仍令各处驻扎大臣照旧办理,如有应调伊犁官兵之处亦准咨商将军” 。
伊犁将军权限主要由三部分构成:“节制统辖各军政区都统、参赞大臣等军政长官;总统调遣天山南北两路驻防官兵;受命处理新疆与邻国之间的外交事务” ㉚。相较于内地一般驻防都统将军只统领八旗兵这一项职能而言伊犁将军权限之大、统辖地域之广在当时全国驻防将军中首屈一指。
将军收入：
伊犁将军岁支银四千两。原定岁支银五千两。乾隆三十五年减去银二千两,道光八年加增银一千两。” ㉜可见伊犁将军年养廉银最高时达五千两,最少的时候也不低于三千两㉝。乾嘉时期国库尚充盈,再加上中央又非常重视新疆,清廷能够通过各种方式保证边疆饷银供应。因此总体上说新疆官员尤其武官福利收入还是比较优厚的,伊犁将军的养廉银一般可以达到内地驻防将军的2倍以上。
军政考核：
伊犁将军由兵部、都察院开送履历呈报皇帝,由皇帝裁定考核等级。“一等称职者皆纪录一次,办事平常者仍留原任,办事不及者降一级调用,不称职者革职以后升转照考语”。
梗概：
乌什事变发生后,清朝统治者认为,各自为政是导致乌什事变迟迟不能解决的重要原因,于是开始强调伊犁将军对南疆的管理。先是重申“其各城大臣仍依旧制,乌什等城俱听伊犁将军管辖,隔一二年亲往各城巡查一次”。接着就明确表示,“现在回疆诸务,俱系伊犁将军统辖”,从形式上使伊犁将军对南疆的“兼辖”改为了“直辖”,从内容上使伊犁将军由单纯的“兼管”南疆“军务”扩大到了“回疆诸务”,加强了伊犁将军对南疆的管辖权。
伊犁将军舒赫德奉命“遵旨筹画新疆驻兵。请于乌鲁木齐驻满兵三千,添设参赞大臣、领队大臣各一员。巴里坤驻满兵二千,添设领队大臣一员。其领队大臣令参赞大臣兼摄,俱统辖于伊犁将军”。
叶尔羌办事大臣高朴盗采玉石案、乌鲁木齐都统索诺木策凌贪污受贿案、貂皮贿赂案、利用职务之便,于伊犁贡马之外携带一百多匹良马分送亲友,馈赠马匹给经过地方官以为应付。
宁远叛兵蒲大芳等谴戍塔尔巴哈台,其党马友元等分戍南路诸城。(嘉庆)十三年冬,大芳复谋逆,(松筠)捕其党五十余人诛之。次年,檄调马友元等百余人赴伊犁种地,悉斩於途。诏斥未鞫而杀,失政体,降喀什噶尔参赞大臣。

剧本概要——
【土尔扈特部南迁】
应渥巴锡之求，选址天山南麓和硕特人居住的珠尔都斯、喀喇沙尔地区。此地可耕之地众多，气候也适宜畜牧，为其部族人饲养优质蒙古马提供了得天独厚的条件。
根据《军机处满文录副奏折》：（珠尔都斯）宜于夏牧之处甚多，且可耕之地共有十八万余亩，此等地亩内，计其三年轮耕一次，扣除和硕特人等、哈喇沙尔绿营兵、库尔勒、噶匝玛回子等所耕七万九千三百余亩，尚有十万零六百余亩，足敷渥巴锡部属每两年轮耕一次。
乾隆皇帝命驻乌什的总理回疆事务参赞大臣舒赫德前往伊犁安抚土尔扈特。朝廷拨白银二十万两及粮草、牛羊、棉布等赈济土尔扈特部众。
同时为加紧戍防，伊犁将军请旨增设乌鲁木齐驻满兵三千,添设参赞大臣、领队大臣各一员。巴里坤驻满兵二千，,添设领队大臣一员。