修卡 全名为“Sacred Hegemony of Cycle Kindred Evolutional Realm”，可翻译作循环关系进化领域之神圣霸权。修卡是征服世界的邪恶秘密组织，是纳粹的残党。凭借其流传的移植手术，能够把正常人改造成持有动植物能力的改造人。这些改造人的最终目的就是征服世界。修卡在世界各地都有秘密基地，进行着各样的邪恶活动。组织的纹章是一只大鹫抓住地球。初期的修卡怪人中了骑士踢后并非爆炸身亡，而是溶化且逐渐消失，这是因为番组开始时没有火药专门的制作人员。怪人的腰带里有计算机及与战斗员联络用的通信器，此外还藏有炸弹，修卡总部亦可远程引爆怪人。

盖尔修卡 对多次失败的修卡感到失望的首领着手对修卡集团进行了重建。修卡首领以非洲刚果河流上的暗黑宗教——盖尔达姆教（企划阶段有Black、Ghost等设想）为基础，加上原来修卡的残余重新编成一个组织——盖尔修卡集团。盖尔修卡的改造人为复合。盖尔修卡的目的仍然是征服世界，不过阴谋再次被2个假面骑士所挫败。组织纹章是鹫与蛇交缠。盖尔修卡怪人的实力远超旧组织的修卡怪人。

修卡板载！
——永梦:我怀疑我玩的是假游戏
——飞彩:我怀疑我切的是假蛋糕
——大我:我怀疑我看的是假股票
——九条:我怀疑我收的是假花束
——黎斗:我怀疑我做的是假卡带
——石墨:我怀疑我吃的是假便当
——帕拉德:我怀疑你们都是假的
——高岩成二:我怀疑假面骑士的末日到了

迪斯特龙
由1号和2号的敌人——修卡及盖尔修卡大首领重新组成的组织，怪人主要以生物+机械组合而成。博士G死后，首领开始招募各种各样的种族怪人。

GOD组织全名为 Goverment of Darkness，是以征服世界为目标的邪恶组织，初期的干部为阿波罗盖斯特，后期为黑暗之王。而作品也分为两个部分。前期的希腊神话系列，敌人均为希腊神话的人物。后期被称为恶人军团系列或世界名人系列，是以恶搞各国历史名人作为怪人的剧情

奇顿
十面鬼在亚马逊内陆成立的组织，怪人具有野生动物能力。剧中描述它是任务失败就会处以死刑的恐怖组织。也是历代假面骑士中唯一一个战斗员均为女性的组织，漫画中称为亚马逊女战士，TV中没有具体名称。与漫画中野性造型不同，都带有鬼面且会使用各种现代文明机械。漫画中只会骑马射箭。主要的目的其实是为了突出亚马逊没有任何人类现代社会所谓的教养。尤其是漫画中多次出现亚马逊骑车冲撞碾压女性，撕咬女性脖子和手臂的行为。虽然是对付敌人，但在当时这种出格作风的英雄也是非常罕见的。

加兰达帝国
利用巧妙的方法消灭了奇顿集团取而代之的恐怖新组织。与奇顿集团的目的一样，利用古代印加帝国的神秘力量征服世界，重新建立第二个巴鲁齐亚王朝。在奇顿灭亡之际得到了嘎嘎腕轮。

黑撒旦
通过撒旦虫制造名为奇械人的改造怪人，并控制奇械人进行世界征服计划的邪恶组织，其怪人兵团拥有特殊的武器。

迪尔扎军团
黑撒旦灭亡后出现在Stronger面前的新邪恶组织，怪人兵团为号称最强的改造人的改造魔人，拥有无视Stronger必杀技的强大实力（其实是针对Stronger的电气必杀而在体内安装了电气吸收装置，但是只有凯特博士未接受这项改造），后Stronger强化成为超电磁人才足以与魔人抗衡；大干部为影子将军，18话登场，一度作为黑撒旦的外援干部，因黑撒旦对自己不重视而离开，后带领魔人兵团吞并黑撒旦，38话和Stronger决战被Stronger打败；最终话中大首领现身，自称为1号至Stronger所对付的所有邪恶组织的真正幕后黑手，被1号至Stronger的7位骑士合力击败。

新修卡
继黑撒旦与迪尔扎军团后又一个企图征服世界的邪恶组织，操纵着前所未有的强大的改造人军团向达成自己征服世界的野心。

多格玛帝国（Dogma Kingdom）
首领是独眼老怪——恐暗国王（Terror Macro），自称多格玛帝国皇帝，其手下大干部为梅嘉尔大将军。德拉马克隆曾尝试拉拢亨利博士先生加入多格玛帝国，被拒绝后摧毁了宇宙研究所。得知Super1生还的消息后派出大量怪人袭击地球，但均被Super1打败。22话中梅嘉尔大将军的身份曝光，原来梅嘉尔大将军原为宇宙开发局的成员，也是自愿接受改造手术，但手术失败，其后加入多格玛帝国。22话中梅嘉尔变成死神帕弗洛与Super1战斗，被Super1打败，23话恐暗国王变成乌鸦怪人——凯撒布诺亲自迎战Super1，但最后仍被打败。

金多格玛帝国（Jin Dogma）
首领是恶魔元帅，手下为魔女参谋、妖怪王女、幽灵博士、鬼火司令。在多格玛帝国灭亡后对地球进行侵略。其手下的改造人比多格玛帝国的改造人强很多，Super1苦战之下多次将金多格玛帝国的改造人击退。46话中妖怪王女与鬼火司令决战Super1，其真身分别为撒旦娃娃与鬼火骷髅，Super1苦战之下击败二人。47话幽灵博士变成黄金鬼魂与Super1战斗，失败。最终话恶魔元帅与魔女参谋袭击宇宙开发局，并现出真身——撒旦魔蛇，Super1差点被杀，最后Super1夺取了恶魔元帅的武器——雷电剑消灭了他们。