利用Biopython获取指定序列【biopython吧】

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利用Biopython获取指定序列

特别是当 Bio.SeqIO.write() 还不支持这种输出格式（e.g. SwissProt文件格式的文本文件）或者需要完整地保留源文件（Biopython的GenBank和EMBL格式输出并不会保留每一点注释信息）。
利用 get_raw()函数：

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1楼2017-01-16 18:02回复

从UniProt FTP站点下载了整个数据库的SwissPort格式文本文件：
ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.dat.gz

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2楼2017-01-16 18:03

解压为文件 uniprot_sprot.dat

IP属地:广东

3楼2017-01-16 18:03

>>> from Bio import SeqIO
>>> uniprot = SeqIO.index("uniprot_sprot.dat", "swiss")
>>> handle = open("selected.dat", "w")
>>> for acc in ["P33487", "P19801", "P13689", "Q8JZQ5", "Q9TRC7"]:
... handle.write(uniprot.get_raw(acc))
>>> handle.close()

IP属地:广东

4楼2017-01-16 18:04

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