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回复:序列输入和输出,Bio.SeqIO 模块

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gzip 模块打开压缩文档以读取数据:
>>> import gzip
>>> from Bio import SeqIO
>>> handle = gzip.open("ls_orchid.gbk.gz", "r")
>>> print sum(len(r) for r in SeqIO.parse(handle, "gb"))
67518
>>> handle.close()
bzip2压缩文件:
>>> import bz2
>>> from Bio import SeqIO
>>> handle = bz2.BZ2File("ls_orchid.gbk.bz2", "r")
>>> print sum(len(r) for r in SeqIO.parse(handle, "gb"))
67518
>>> handle.close()
Python2.7及以上版本, with 也可以读取gzip和bz2文件。


IP属地:广东20楼2017-01-13 00:07
回复
    您好,我是刚开始学biopython的,现在有个问题想请教您,就是from Bio import SeqIO是从哪里提取文件的呢?我用pip安装了这个软件后,显示的文件夹比压缩包里少了doc及下属文件夹。就是连说明书里的例子我都运行不出来。我是windows系统。因为没有examples里的FASTA


    21楼2020-03-18 22:34
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