2009年5月，国务院《关于支持福建省加快建设海峡西岸经济区的若干意见》的发布是党中央、国务院从我国经济社会发展全局出发做出的重大战略部署。《意见》指出，加快建设海峡西岸经济区，必须进一步解放思想，深入贯彻落实科学发展观，着力转变经济发展方式和增强自主创新能力，提高经济发展质量水平和增强创新体制机制，先行试验一些重大改革措施，发挥海峡西岸经济区对外开放的先行作用。
为贯彻落实党中央、国务院的战略部署，加快推进福建省经济体制创新和产业转型升级，海西商品交易所在相关政府的支持下应运而生。2011年5月31日，海商所经中国工商行政管理总局核准成立，并于11月5号在世界经济与金融发展前景论坛的成功举办中完成了隆重的揭牌仪式。