1 森林里跳出两只小老鼠（层次分析第一层是状中还是主谓短语）
目前流行的观点是，主谓句-存现句。

已经三年了（“已经”什么成分)
副词。
状中

3 在出版社的书店买的（层次分析）
在出版社的书店买 / 的（的字）
在出版社的书店 / 买（状中）
在 / 出版社的书店（介词）
出版社的 / 书店（定中)

1 (在)森林里跳出(来)两只小老鼠（层次分析第一层是状中还是主谓短语）
(省略了“在”。“跳出老鼠”动宾结构。)
2 已经三年了（“已经”什么成分)
(事或物，已经过了三年。省略了主语。比如生子已过三年。)
3 在出版社的书店买的（层次分析）
买的什么物？省略了宾语。在书店买(书)的书被省略。