几十块钱的事情，尽量不要看得那么重。博士期间，多学东西，多学东西。

博士第十一天，好不容易sybyl做完了对接，结果发现他妈的看不了结果。

中午睡觉时间很宝贵，以后不要躺在床上玩手机。直接睡觉就可以了。时间宝贵啊！

博士第十二天，不能有一点点的侥幸心理。

档案的事情搞定了，很开心，很开心。接下来的事情，就是全力钻研学术吧！

在sybyl当中，mol2格式表示分子，pdb表示蛋白，hits表示分子表单。

博士第十三天，说句实在话。sybyl博大精深，但是我觉得我现在正在学习的越来越好。加油加油。
下午做了一个对接 分子表单当中含有两个化合物 1 Chaps 试剂 2 活性维生素D3 其中口袋的设置参数为 extract ligand HEM 520 然后其他的不动。最后分子对接结果为09801，很遗憾经过分析实际情况与文献报道不符合。

晚上八点多钟又做了一组对接 结果不是特别好 对接结果可以看090802 Docking run。这一回设置的口袋是CSO600 其中在remove ligand当中选择了10号水。看来要再设计一次配体啊。

晚上最后一组对接 090804口袋设计如下 提出CPS600 移除十号水。加电荷然后加上cps的电荷。然后插入分子表单 chap试剂还有活性维生素D3。对接结果显示：chap试剂与ARG 436 ARG157 SER312 ASN142
活性维生素D3与 ASN142 600水 561水。

博士第十四天，我对sybyl又有了一定的了解。加油，加油我可以做得更好。
今天做了一组对接：设置情况如下 提出配体 CPS600 然后什么都不点击生成0909013k9v-HT-L-0.50-0.sfxc
然后使用一个分子表单，该分子表单含Chaps 试剂还有活性维生素D3。进行相应的对接。结果如下
文献单中报道Chaps 试剂与Thr-394 Gly-499 Glu-329 产生氢键相互作用，这个是实实在在的单晶结构。 活性维生素D3与Leu-129 还有 Leu-325 Met 246还有 ile-500 Met-148 Val-391产生相互作用，这个是使用Auto dock 4.0模拟出来的结果。
使用以上参数进行对接时，结果是Chaps 试剂会与329位的GLU产生氢键 Thr-330产生氢键，然后是与597-水，548的水 588的水发生相互作用。

extract Cps600 remove 10水 电荷全部加上生配体0909033k9v-ligand.mol2，继而生成口袋0909033k9v_H13-0.500.sfxc

090904DockingRun_site.mol2分子对接结果。Chaps 试剂Glu 329 lys243 597水
维生素D3 Phe393 Glu329 548位的水 580水

博士第十五天，要好好锻炼身体。

博士第十七天，以后十一点半我手机就得关机。

091001 DockingRun 结果 090700分子与394位THr 329位GLulu 发生氢键相互作用。
090701 与492leu 393phe 发生氢键作用。
090705与 Arg 128 393Phe发生氢键作用。
090703与Met 246 还有Thr394发生氢键作用。
090702与 Glu329 Met246 Thr394发生氢键作用。
090704与Thr394 Met246发生氢键作用。