鱼菜共生的流程中，鱼粪是不建议留下来的。首先，菜吸收的营养，包括人为添加的微量元素，都是以离子状态被植物吸收的，鱼粪本身并不能被吸收。第二，鱼粪是病原，特别是留在硝化床的鱼粪，滋生的病原体容易回流进入水体。第三，鱼粪本身的物理特性。鱼粪普遍是密度大于或接近水的密度的，也就意味着鱼粪在水中肯定是沉底或者是中层悬浮。进入硝化床之后，大部分细小的鱼粪会沉底，虹吸是不会把硝化床的水吸干的，也就意味这在硝化床底部有粪层，且粪水混合，放入的蚯蚓只会生存在潮湿层，水层不会去，所以周期性的需要整体给硝化床清理消毒，加大了成本。
处理方法：现在最普遍的处理方法是在硝化床前加一个沉淀池。根据我的经验，200条4公分的罗非鱼，一天投喂2次，水温控制在28度，可以把一个长1.2M，宽0.6m的沉淀池在4天内铺满，鱼粪沉淀的厚度我无法测量，没办法说出准确数据。
有兴趣的可以试试接一个沉淀池，以后只用洗沉淀池，不需要去洗硝化床，而且硝化床不会有恶臭