银行引进二维码支付后，其后台清算仍交由银联完成，而银行获得全部交易信息，央行则实现对账户资金的依法监控。使用支付公司的账户进行二维码支付，将走支付公司自身的清算系统，绕过银联的跨行清算体系，银行无法获取交易信息。
在某种意义上，用户个人信息的保密程度可能视情况而言不同：使用银行的二维码支付渠道，交易信息将由银行负责保密；使用支付公司的二维码支付渠道，交易信息将由支付公司负责保密。