1.有机肥与微生物肥料的配合使用。一般来说，粪肥在使用时需要通过生物菌进行发酵腐熟，使用到蔬菜上的时候才能保证足够的安全。
2.化学肥料和微生物肥料的配合使用。一方面可以利用生物菌达到活化土壤、调节植株生长、促进土壤中养分的吸收的作用，降低矿质养分在土壤中的残留；另一方面化学肥料可以满足生物菌在调节和促进植株生长过程中对于矿质元素的需求。现在，市场上出现了许多含有生物菌的水溶肥产品，这类产品的出现满足了蔬菜对于矿质养分和生物菌的需求。